R语言 minfi包 qcReport()函数中文帮助文档(中英文对照)

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qcReport(minfi)
qcReport()所属R语言包：minfi

                                         QC report for Illumina Infinium Human Methylation 450k arrays
                                         Illumina的Infinium人力甲基450K阵列QC报告

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Produces a PDF QC report for Illumina Infinium Human Methylation 450k arrays, useful for identifying failed samples.
Illumina的Infinium人力甲基450K阵列，用于确定出现故障的样本产生一个PDF QC报告。


用法----------Usage----------


qcReport(rgSet, sampNames = NULL, sampGroups = NULL, pdf = "qcReport.pdf",
    maxSamplesPerPage = 24, controls = c("BISULFITE CONVERSION I",
    "BISULFITE CONVERSION II", "EXTENSION", "HYBRIDIZATION",
    "NON-POLYMORPHIC", "SPECIFICITY I", "SPECIFICITY II", "TARGET REMOVAL"))



参数----------Arguments----------

参数：rgSet
An object of class RGChannelSet.
对象类RGChannelSet。


参数：sampNames
Sample names to be used for labels.
样品名称被用于标签。


参数：sampGroups
Sample groups to be used for labels.
用于标签的样本群体。


参数：pdf
Path and name of the PDF output file.
PDF输出文件的路径和名称。


参数：maxSamplesPerPage
Maximum number of samples to plot per page in those sections that plot each sample separately.  
在这些章节的图，每个样品分别绘制每页最大样本数。


参数：controls
The control probe types to include in the report.
在报告中包含的控制探针类型。


Details

详情----------Details----------

This function produces a QC report as a PDF file. It is a useful first step after reading in a new dataset to get an overview of quality and to flag potentially problematic samples.
这个函数生成一个PDF文件的质检报告。它是一个有用的阅读后，在一个新的数据集，以获得质量的概述和标记可能有问题的样本的第一步。


值----------Value----------

No return value. A PDF is produced as a side-effect.
没有返回值。制作一个PDF作为一个副作用。


作者（S）----------Author(s)----------



Martin Aryee <a href="mailto:aryee@jhu.edu">aryee@jhu.edu</a>.




参见----------See Also----------

mdsPlot, controlStripPlot, densityPlot, densityBeanPlot
mdsPlot，controlStripPlot，densityPlot，densityBeanPlot


举例----------Examples----------


if (require(minfiData)) {

names <- pData(RGsetEx)$Sample_Name
groups <- pData(RGsetEx)$Sample_Group

## Not run: [＃无法运行：]
qcReport(RGsetEx, sampNames=names, sampGroups=groups, pdf="qcReport.pdf")

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

}

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