R语言 minfi包 plotCpg()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotCpg(minfi)
plotCpg()所属R语言包：minfi

                                         Plot methylation values at an single genomic position
                                         图甲基值在一个单一的基因位置

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plot single-position (single CpG) methylation values as a function of a categorical or continuous phenotype
图单位（单CPG）作为一个类别或连续型函数的甲基化值


用法----------Usage----------


plotCpg(dat, cpg, pheno, type = c("categorical", "continuous"),
    measure = c("beta", "M"), ylim = NULL, ylab = NULL, xlab = "",
    fitLine = TRUE, mainPrefix = NULL, mainSuffix = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：dat
An RGChannelSet, a MethylSet or a matrix.  We either use the getBeta (or getM for measure="M") function to get Beta values (or M-values) (for the first two) or we assume the matrix contains Beta values (or M-values).
RGChannelSet，MethylSet或matrix。我们要么使用getBeta（或getMmeasure="M"）函数得到的Beta值（或M值）（前两个），我们假设矩阵包含的Beta值（或m值）。


参数：cpg
A character vector of the CpG position identifiers to be plotted.
的CpG位置标识符的一个特征向量绘制。


参数：pheno
A vector of phenotype values.
表型值的向量。


参数：type
Is the phenotype categorical or continuous?
是明确的表型或连续？


参数：measure
Should Beta values or log-ratios (M) be  plotted?
应的Beta值或数比率（男）被绘制？


参数：ylim
y-axis limits.
y轴的限制。


参数：ylab
y-axis label.
Y轴标签。


参数：xlab
x-axis label.
X轴标签。


参数：fitLine
Fit a least-squares best fit line when using a continuous phenotype.
适合采用最小二乘最佳拟合线，当使用连续型。


参数：mainPrefix
Text to prepend to the CpG name in the plot main title.
前置的CpG在小区主标题名称的文本。


参数：mainSuffix
Text to append to the CpG name in the plot main title.
文本追加到在小区主标题的CpG名称。


Details

详情----------Details----------

This function plots methylation values (Betas or log-ratios) at individual CpG loci as a function of a phenotype.
此功能图的甲基化值（贝塔或数比率）作为个人的CpG位点表型的功能。


值----------Value----------

No return value. Plots are produced as a side-effect.
没有返回值。图是作为一个副作用。


作者（S）----------Author(s)----------



Martin Aryee <a href="mailto:aryee@jhu.edu">aryee@jhu.edu</a>.




举例----------Examples----------


if (require(minfiData)) {

grp <- pData(MsetEx)$Sample_Group
cpgs <- c("cg00050873", "cg00212031", "cg26684946", "cg00128718")
par(mfrow=c(2,2))
plotCpg(MsetEx, cpg=cpgs, pheno=grp, type="categorical")

}

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