R语言 minfi包 mdsPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

mdsPlot(minfi)
mdsPlot()所属R语言包：minfi

                                         Multi-dimensional scaling plots giving an overview of similarities and differences between samples.
                                         多维缩放图样本之间的相似性和差异的概述。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Multi-dimensional scaling (MDS) plots showing a 2-d projection of distances between samples.
多维尺度（MDS）的图，展示的样品之间的距离的2-D投影。


用法----------Usage----------


mdsPlot(dat, numPositions = 1000, sampNames = NULL, sampGroups = NULL, xlim, ylim,
    pch = 1, pal = brewer.pal(8, "Dark2"), legendPos = "bottomleft",
    legendNCol, main = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：dat
An RGChannelSet, a MethylSet or a matrix.  We either use the getBeta function to get Beta values (for the first two) or we assume the matrix contains Beta values.
RGChannelSet，MethylSet或matrix。我们要么使用getBeta函数得到的Beta值（前两个），我们假设矩阵含有β值。


参数：numPositions
Use the numPositions genomic positions with the most methylation variability when calculating distance between samples.
计算样本之间的距离时，使用最多的甲基化变异的numPositions基因组的位置。


参数：sampNames
Optional sample names. See details.
可选的样品名称。查看详情。


参数：sampGroups
Optional sample group labels. See details.
可选样本组的标签。查看详情。


参数：xlim
x-axis limits.
X-轴的限制。


参数：ylim
y-axis limits.
y轴的限制。


参数：pch
Point type. See par for details.
点的类型。看到par详情。


参数：pal
Color palette.
调色板。


参数：legendPos
The legend position. See legend for details.  
传说中的位置。看到legend详情。


参数：legendNCol
The number of columns in the legend. See legend for details.  
传说中的列数。看到legend详情。


参数：main
Plot title.
图称号。


Details

详情----------Details----------

Euclidean distance is calculated between samples using the numPositions most variable CpG positions. These distances are then projected into a 2-d plane using classical multidimensional scaling transformation.
欧氏距离计算之间使用numPositions最可变的CpG位置的样品。这些距离，然后采用经典的多维尺度变换成2-D平面的投影。


值----------Value----------

No return value. Plots are produced as a side-effect.
没有返回值。图是作为一个副作用。


作者（S）----------Author(s)----------



Martin Aryee <a href="mailto:aryee@jhu.edu">aryee@jhu.edu</a>.




参考文献----------References----------

and applications (2nd ed.). New York: Springer-Verlag. pp. 207-212. ISBN 0387948457.


参见----------See Also----------

qcReport, controlStripPlot, densityPlot, densityBeanPlot, par, legend
qcReport，controlStripPlot，densityPlot，densityBeanPlot，par，legend


举例----------Examples----------


if (require(minfiData)) {

names <- pData(MsetEx)$Sample_Name
groups <- pData(MsetEx)$Sample_Group
mdsPlot(MsetEx, sampNames=names, sampGroups=groups)

}

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。