R语言 minfi包 densityBeanPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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densityBeanPlot(minfi)
densityBeanPlot()所属R语言包：minfi

                                         Density bean plots of methylation Beta values.
                                         甲基化的β值的密度豆图。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Density "bean" plots of methylation Beta values, primarily for QC.
密度豆甲基化的β值的图，主要用于质量控制。


用法----------Usage----------


densityBeanPlot(dat, sampGroups = NULL, sampNames = NULL, main = NULL,
    pal = brewer.pal(8, "Dark2"), numPositions = 10000)



参数----------Arguments----------

参数：dat
An RGChannelSet, a MethylSet or a matrix.  We either use the getBeta function to get Beta values (for the first two) or we assume the matrix contains Beta values.
RGChannelSet，MethylSet或matrix。我们要么使用getBeta函数得到的Beta值（前两个），我们假设矩阵含有β值。


参数：sampGroups
Optional sample group labels. See details.
可选样本组的标签。查看详情。


参数：sampNames
Optional sample names. See details.
可选的样品名称。查看详情。


参数：main
Plot title.
图称号。


参数：pal
Color palette.
调色板。


参数：numPositions
The density calculation uses numPositions randomly selected CpG positions.  If NULL use all positions.
密度计算使用numPositions随机选择的CpG位置。如果NULL使用所有职位。


Details

详情----------Details----------

This function produces the density bean plot component of the QC report. If sampGroups is specified, group-specific colors will be used. For speed reasons the plots are produced using a random subset of CpG positions. The number of positions used is specified by the numPositions option.
此功能产生的QC报告的密度豆图的组成部分。如果sampGroups指定，特定组的颜色将被使用。对于速度的原因，图是使用一个随机子集的CpG位置。 numPositions选项指定使用的职位数。


值----------Value----------

No return value. Plots are produced as a side-effect.
没有返回值。图是作为一个副作用。


作者（S）----------Author(s)----------



Martin Aryee <a href="mailto:aryee@jhu.edu">aryee@jhu.edu</a>.




参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

qcReport, mdsPlot, controlStripPlot, densityPlot
qcReport，mdsPlot，controlStripPlot，densityPlot


举例----------Examples----------


if (require(minfiData)) {

names <- pData(RGsetEx)$Sample_Name
groups <- pData(RGsetEx)$Sample_Group
par(mar=c(5,6,4,2))
densityBeanPlot(RGsetEx, sampNames=names, sampGroups=groups)

}

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