R语言 minet包 vis.res()函数中文帮助文档(中英文对照)

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vis.res(minet)
vis.res()所属R语言包：minet

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                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A group of functions to plot precision-recall and ROC curves and to compute f-scores from the  data.frame returned by the validate function.
validate函数返回一组函数来绘制精度，召回和ROC曲线和计算从数据框F-分数。


用法----------Usage----------


  pr(table)
  rates(table)
  fscores(table, beta=1)
  show.pr(table,device=-1,...)
  show.roc(table,device=-1,...)
  auc.roc(table)
  auc.pr(table)



参数----------Arguments----------

参数：table
This is the  data.frame returned by the validate function where columns contain  TP,FP,TN,FN values (confusion matrix) as well as the threshold value used  - see validate.
这是validate函数返回列包含计划生育，总磷，总氮，FN值（混淆矩阵）以及所使用的阈值数据框 - 看到validate。


参数：beta
Numeric used as the weight of the recall in the f-score formula - see details. The default value of this argument is 1, meaning precision as important as recall.
作为重量召回在F-分数的公式用于数字 - 查看详细信息。此参数的默认值是1，如召回精度的重要意义。


参数：device
The device to be used. This parameter allows the user to plot precision-recall and  receiver operating characteristic curves for various inference algorithms on the same plotting window - see examples.
要使用的设备。该参数允许用户绘制精确召回和接收机工作特性曲线在同一窗口绘制各种推理算法 - 看到的例子。


参数：...
arguments passed to plot  
参数传递plot


Details

详情----------Details----------

A confusion matrix contains FP,TP,FN,FP values.
一个混淆矩阵中包含的FP，TP，FN的FP值。

"true positive rate" tpr = TP/(TN+TP)
“真正的阳性率”tpr = TP/(TN+TP)

"false positive rate" fpr = FP/(FN+FP)       
“假阳性率”fpr = FP/(FN+FP)

"precision" p = TP/(FP+TP)
“精确”p = TP/(FP+TP)

"recall" r = TP/(TP+FN)
“召回”r = TP/(TP+FN)

"f-beta-score" Fbeta = (1+beta) * p*r/(r + beta*p)
“F-β-得分”Fbeta = (1+beta) * p*r/(r + beta*p)


值----------Value----------

The function show.roc (show.pr) plots the ROC-curve (PR-curve) and returns the device associated with the plotting window.
函数show.roc（show.pr）图中华民国曲线（公关曲线），并返回绘图窗口关联的设备。

The function auc.roc (auc.pr) computes the area under the ROC-curve (PR-curve) using the trapezoidal approximation.
函数auc.roc（auc.pr）计算中华民国曲线使用的梯形逼近（公关曲线）下的面积。

The function pr returns a data.frame where steps is the number of thresholds used  in the validation process. The first column contains precisions and the second recalls - see details.
功能pr返回一个数据框，其中的步骤是在验证过程中使用的阈值。第一列包含精度和第二次召回 - 查看详细信息。

The function rates also returns a data.frame where the first column contains true  positive rates and the second column false positive rates - see details.  
功能rates返回一个数据框，其中第一列包含真正的阳性率和第二列的假阳性率 - 查看详细信息。

The function fscores returns fscores according to the confusion matrices  contained in the 'table' argument - see details.
函数fscores的回报fscores根据表的说法中的混乱矩阵 - 见详情。


参考文献----------References----------

minet: A R/Bioconductor Package for Inferring Large Transcriptional Networks Using Mutual Information. BMC Bioinformatics, Vol 9, 2008.

参见----------See Also----------

validate,  plot
validate，plot


举例----------Examples----------


data(syn.data)
data(syn.net)
# Inference[推理]
mr <- minet( syn.data, method="mrnet", estimator="spearman" )
ar <- minet( syn.data, method="aracne", estimator="spearman"  )
clr<- minet( syn.data, method="clr", estimator="spearman"  )
# Validation[验证]
mr.tbl <- validate(mr,syn.net)
ar.tbl <- validate(ar,syn.net)
clr.tbl<- validate(clr,syn.net)
# Plot PR-Curves[图公关曲线]
max(fscores(mr.tbl))
dev <- show.pr(mr.tbl, col="green", type="b")
dev <- show.pr(ar.tbl, device=dev, col="blue", type="b")
show.pr(clr.tbl, device=dev, col="red",type="b")
auc.pr(clr.tbl)

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