R语言 microRNA包 get_selfhyb_subseq()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

get_selfhyb_subseq(microRNA)
get_selfhyb_subseq()所属R语言包：microRNA

                                        Get Self-Hybridizing Subsequences
                                         获取自杂合的子序列

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function finds the longest self-hybridizing subsequences present in RNA or DNA sequences.
此功能找到最长的自我杂合RNA或DNA序列的子序列。


用法----------Usage----------


get_selfhyb_subseq(seq, minlen, type = c("RNA", "DNA"))
show_selfhyb_counts(L)
show_selfhyb_lengths(L)



参数----------Arguments----------

参数：seq
character vector of RNA or DNA sequences
RNA或DNA序列的特征向量


参数：minlen
an integer specifying the minimum length in bases of the self-hybridizing subsequences.  Subsequences with length less than minlen will be ignored.
一个整数，指定在碱基自杂合的子序列的最小长度。子序列的长度比minlen将被忽略。


参数：type
one of "RNA" or "DNA" depending on the type of sequences provided in seq.  Note that you cannot mix RNA and DNA sequences.
"RNA"或"DNA"上提供seq序列的类型。请注意，您不能混用RNA和DNA序列。


参数：L
The output of get_selfhyp_subseq.
get_selfhyp_subseq输出。


Details

详情----------Details----------

get_selfhyb_subseq finds the longest self-hybridizing subsequences of the specified minimum length.  It does this using suffix trees and the getLongestSubstring function provided by the Rlibstree package.
get_selfhyb_subseq发现指定的最小长度最长的自我杂交子序列。它使用后缀树和getLongestSubstring功能由Rlibstree包。

These are defined to be the longest string that is found in both the input sequence, seq, and in its reverse complement.
这些被定义为在输入序列中发现的最长的字符串，seq，并在其逆补。


值----------Value----------

A list with an element for each sequence in seq.  The list will be named using names(seq).
seq每个序列元素的列表。该列表将被命名为使用names(seq)。

Each element is itself a list with an element for each longest self-hybridizing subsequence (there can be more than one).  Each such element is yet another list with components:
每个元素本身是一个与每个最长的自我杂合序列（可能有多个）元素的列表。每个这样的元素，又是一个组件列表：


参数：starts
integer vector giving the character start positions for the self-hybridizing subsequence in the sequence.
给予整数向量序列中的自我杂合序列字符的起始位置。


参数：rcstarts
integer vector giving the character start positions for the reverse complement of the self-hybridizing subsequence in the sequence.
给予整数向量序列中的自我杂合序列的反向互补的字符的起始位置。


作者（S）----------Author(s)----------


Seth Falcon



举例----------Examples----------


if (suppressWarnings(require(Rlibstree, quietly=TRUE))) {
    seqs = c(a="UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU", b="UGAGGUAGUAGGUUGUGUGGUU",
             c="UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUU")

    ans = get_selfhyb_subseq(seqs, minlen=3, type="RNA")
    length(ans)

    ans[["a"]]

    show_selfhyb_counts(ans)
    show_selfhyb_lengths(ans)
}

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。