R语言 methylumi包 featureFilter()函数中文帮助文档(中英文对照)

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featureFilter(methylumi)
featureFilter()所属R语言包：methylumi

                                        Annotation-based Filtering of Features (CpG sites) in a
                                         基于注解的过滤功能（CpG位点），在

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Features with insufficient annotation carry little value for the subsequent data analysis. The function featureFilter provides options of filtering features (CpG sites) from a MethyLumiSet (or MethyLumiM) object based on available annotation data.
注释不足的特点，进行后续的数据分析的价值不大。功能featureFilter提供MethyLumiSet（或MethyLumiM）对象可用的注释数据为基础的过滤功能选项（CpG位点）。


用法----------Usage----------


featureFilter(eset, require.entrez=FALSE,
    require.GOBP=FALSE, require.GOCC=FALSE,
    require.GOMF=FALSE, exclude.ChrX=FALSE,
    require.closeToTSS=FALSE, range.DistToTSS=c(-500, 300),
    require.CpGisland=FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：eset
A MethyLumiSet or MethyLumiM object.
一个MethyLumiSet或MethyLumiM对象。


参数：require.entrez
If TRUE, filter out features without an Entrez Gene ID annotation.
如果TRUE，筛选出没有Entrez基因标识标注的功能。


参数：require.GOBP, require.GOCC, require.GOMF
If TRUE, filter out features whose target genes are not annotated to at least one GO term in BP, CC and MF ontology, respectively.
如果TRUE，筛选出目标的功能基因中至少有一个BP，消委会和MF本体的GO术语，分别不注明。


参数：exclude.ChrX
If TRUE, filter out features in chromosome X to avoid gender effect.
如果TRUE，筛选出X染色体的功能，以避免性别的影响。


参数：require.closeToTSS
If TRUE, filter out features that are not close to transcription start site (TSS). Features without annotation of distance to TSS will also be removed. Can only used for GoldenGate platform.
如果TRUE，筛选出不靠近转录起始位点（TSS）的功能。没有距离TSS的注释功能也将被删除。只能用于GoldenGate的平台。


参数：range.DistToTSS
Ignored if require.colseToTSS is FALSE. A vector of numeric values of length 2, indicating the range of tolerable distance from transcription start site (TSS) in basepair (bp). If require.clostToTSS is TRUE, features whose distance to TSS falls outside this designated range will be removed. The default value is c(-500, 300), where -500 represents the distance to TSS from the left and 300 the distance from the right.  
如果require.colseToTSS是FALSE忽略。向量的长度为2的数值，从转录起始位点（TSS），在碱基对（BP）表示容忍的距离范围。如果require.clostToTSS是TRUE，功能的距离TSS的落在指定范围以外将被删除。默认值是c(-500, 300)，其中-500代表从左边和300从右侧的距离TSS的距离。


参数：require.CpGisland
If TRUE, filter out features that are not in CpG islands.
如果TRUE，筛选出的特点是CpG岛。


参数：...
Unused, but available for specializing methods.
未使用的，但对于专业的方法。


值----------Value----------

The function featureFilter returns a list consisting of:
功能featureFilter返回一个列表，其中包括：


参数：eset
The filtered MethyLumiSet or MethyLumiM object.
过滤MethyLumiSet或MethyLumiM对象。


参数：filter.log
A list giving details of how many probe sets where removed for each annotation-based filtering step performed.
列表给多少探针组，为每个基于注解的过滤执行的步骤删除的细节。


作者（S）----------Author(s)----------


Chao-Jen Wong <a href="mailto:cwon2@fhcrc.org">cwon2@fhcrc.org</a>



参考文献----------References----------

Independent filtering increases power for detecting differentially

参见----------See Also----------

nsFilter
nsFilter

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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