R语言 methVisual包 MethylQC()函数中文帮助文档(中英文对照)

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MethylQC(methVisual)
MethylQC()所属R语言包：methVisual

                                        Quality controle (QC) on Methylation Data
                                         （QC）的甲基化数据质量controle

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Processing a quality control (QC) procedure on bisulafite sequences
加工的质量控制（QC）的程序bisulafite序列


用法----------Usage----------


MethylQC(refSeq, methFileDataFrame, makeChange, identity,conversion)



参数----------Arguments----------

参数：refSeq
String; genomic sequence, see selectRefSeq()
字符串;基因组序列，看到selectRefSeq（）


参数：methFileDataFrame
Data frame; sequences names and their paths, see MethDataInput()
数据框序列的名称及其路径，看到MethDataInput（）


参数：makeChange
Logical; if TRUE changes take place automatically, by default TRUE
逻辑;如果为TRUE的变化自动进行默认情况下，真


参数：identity
min. identity value , by default 80 percent
分钟。标识值，默认为80％


参数：conversion
min conversion rate, by default 90 percent
分钟的转化率，默认为90％


Details

详情----------Details----------

In order to avoid bad qualitative data entering this methylation analysis three measurements are made: 1) alignment check: if reverse, complement or reverse-complement 2) sequence identity between genomic sequence and every examined sequence 3) bisulfite conversion
如果相反，补充或反补2）同源性之间的基因组序列，每一个检查的顺序3）重亚硫酸盐转化对齐，以避免不好定性数据，进入这三个测量的甲基化分析：1）检查：


值----------Value----------

Returns data frame of sequences names after QC and their paths saves QCINFO.Rdata under sequence files directory
返回数据框序列的名字后，QC和它们的路径保存序列文件的目录下QCINFO.Rdata


作者（S）----------Author(s)----------


Arie Zackay <arie.zackay@mail.huji.ac.il>, Christine Steinhoff <steinhof@molgen.mpg.de>



举例----------Examples----------


## In order to use the following example [＃为了使用下面的例子]
## make sure that you have writing permission under R.home()[＃确保您已经下R.home书面许可（）]
## directory. If you do not have permission choose your own path. [＃目录。如果你没有权限选择自己的路。]

dir.create(file.path(R.home(component="home"),"/BiqAnalyzer"))
makeLocalExpDir(dataPath="/examples/BiqAnalyzer",
        localDir=file.path(R.home(component="home"),"/BiqAnalyzer"))
datameth <-MethDataInput(file.path(R.home(component="home"),
                                "/BiqAnalyzer/PathFileTab.txt"))
refseq <- selectRefSeq(file.path(R.home(component="home"),
                        "/BiqAnalyzer/Master_Sequence.txt"))
QCdata <- MethylQC(refseq, datameth)

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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