R语言 methVisual包 methFisherTest()函数中文帮助文档(中英文对照)

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methFisherTest(methVisual)
methFisherTest()所属R语言包：methVisual

                                        Fisher exact Test on methylation Data
                                         甲基化数据的Fisher精确检验

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Fisher exact Test on two subsets of experiments over matched CpG sites
Fisher确切匹配的CpG位点的两个亚群的实验测试


用法----------Usage----------


methFisherTest(methData,set1,set2)



参数----------Arguments----------

参数：methData
List; contains information on the pairwise alignments, and methylated CpG motifs.
名单包含成对的路线，和甲基化的CpG基序的信息。


参数：set1
First subset - Integer vector of experiments due to there order at methData
第一子集 - 由于实验的整数向量有在methData订购


参数：set2
Second subset - Integer vector of indexes of experiments due to there order at methData
第二子集 - 整数向量实验指标由于有在methData订购


Details

详情----------Details----------

Given two clone sequences groups A and B for each CpG site the user can investigate whether there is a difference of methylation status between the two groups at each of the CpG sites. In order to calculate this difference at each CpG site, the two-tailed p-value of Fisher's exact test is calculated from the 2*2 tables at each CpG site. This p-value indicates the level of difference at every single CpG in those two groups of clone sequences. A p-value smaller than 0.05 is an indication for the independence of the methylation state in a certain CpG site when comparing two groups of clone sequences.
鉴于A和B两个克隆的序列组为每个CpG位点的用户可以调查是否有两组之间的差异，在每个CpG位点的甲基化状态。为了计算这种差异在每个CpG位点，双尾Fisher精确检验的p值从2 * 2表计算每个CpG位点。 P-值表示在每一个单一的中央人民政府在这两个群体的克隆序列的差异水平。 p值小于0.05，表明在一定当比较两个组的克隆序列的CpG位点的甲基化状态的独立。


值----------Value----------

P- Values vector and a Plot
P值向量和图


作者（S）----------Author(s)----------


Arie Zackay <arie.zackay@mail.huji.ac.il>, Christine Steinhoff <steinhof@molgen.mpg.de>



举例----------Examples----------


data(methData)
methFisherTest(methData,c(1,2,3),c(4,5,6))


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注：
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