metahdep.format(metahdep)
metahdep.format()所属R语言包：metahdep
metahdep.format
metahdep.format
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function is intended to facilitate the meta-analysis of multiple gene expression studies.
此功能是为了便于多个基因表达研究的荟萃分析。
用法----------Usage----------
metahdep.format(ES.obj.list, newnames, min.var = 0.0001,
include.row.indices = FALSE, show.warnings = FALSE,
pd.verify = FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：ES.obj.list
A list object containing the results from multiple gene expression studies. Each element of the list is an object of class ES.obj.
一个列表对象包含由多个基因表达研究的结果。列表中的每个元素是一个对象类ES.obj。
参数：newnames
A data.frame object that describes how to merge the results from different studies. It must have 3 columns, and a row for each probeset to be considered. The first column must be named "chip" and contain a name of a chip version used in one of the studies, corresponding to the "chip" slots of the ES.obj.list argument. The second column must be named "old.name" and must hold the chip-specific name for each probeset. The third column must be named "new.name" and should hold the general name (Entrez ID, for example) that can be used to identify common probesets on the different chip versions. See the HGU.newnames object in the given example code (and its creation in the vignette) for guidance on how to build this object.
一个data.frame对象，介绍如何合并从不同的研究结果。它必须有3列，并为每一个要考虑的probeset行。第一列必须被命名为“芯片”，并包含于一体的研究，相应的“芯片”ES.obj.list参数插槽使用的芯片版本的名称。第二列必须命名为“old.name”，必须持有每个probeset的芯片的具体名称。第三列必须被命名为“new.name”，并应持有的通用名称（Entrez的编号，例如），可用于识别不同的芯片版本的共同probesets。看到上面例子中的代码为指导，就如何建立这个对象（和其创造的小品文）HGU.newnames对象。
参数：min.var
(optional) A positive real number that acts as a lower bound on the allowed variances for any measure of differential expression. This might be used to guard against specious claims of significance due to naturally low variance.
（可选）一个正实数，它允许任何措施的差异表达的差异必然较低。这可能是用来防止由于自然低方差的意义似是而非的索赔。
参数：include.row.indices
(optional) A logical value to determine whether or not to include the study and row indices for the data for each gene in the returned list of metaprep objects. Only used for debugging purposes, and so defaults to FALSE.
（可选）一个逻辑值，以确定是否不包括metaprep对象返回的列表中每个基因数据的研究和行指数。仅用于调试目的，所以默认为false。
参数：show.warnings
(optional) A logical value to determine whether or not to display warnings in certain situations, like if a gene is expected in a particular study but not found, or if a gene is not found in any study, or on some other instances. This may sometimes cause a large number of uninteresting warnings to be displayed, and so defaults to FALSE.
（可选）一个逻辑值，以确定是否显示警告，在某些情况下，像在一个特定的研究预计，如果一个基因，但没有找到，或者如果一个基因被发现没有任何研究，或其他一些实例。有时，这可能导致大量的无趣的警告显示，所以默认为FALSE。
参数：pd.verify
(optional) A logical value to determine whether or not to check the generated variance/covariance matrix for positive-definiteness. Since this should always be the case, this would indicate a problem somewhere in the data – more specifically, in the covariance values of one of the studies in the ES.obj.list argument. Used primarily for debugging, and so defaults to FALSE.
（可选）一个逻辑值，以确定是否要检查生成的方差/协方差矩阵正定性。因为这应始终的情况下，这说明一个问题的数据 - 更具体地说，在协方差值ES.obj.list参数的研究之一，某处。主要用于调试，所以默认为false。
Details
详情----------Details----------
Each element of the returned list is a metaprep object summarizing effect size data for a single gene. This list of metaprep gene information is passed to the metahdep() function for meta-analysis.
返回列表中的每个元素是一个metaprep对象，总结为一个单一的基因的作用大小的数据。此metaprepmetahdep()荟萃分析的功能基因信息传递给的。列表
值----------Value----------
A list, where each element is a gene-specific object of class metaprep.
一个列表，其中每个元素是一个类metaprep基因的特定对象。
作者（S）----------Author(s)----------
John R. Stevens, Gabriel Nicholas
参考文献----------References----------
Bioinformatics, 25(19):2619-2620.
举例----------Examples----------
## load a pre-made list of ES.obj's and newnames data.frame. These objects hold[＃加载预制的ES.obj的和newnames数据框的列表。这些对象持有]
## data in a format suitable for use in the metahdep.format function.[＃在适合使用在metahdep.format功能的格式的数据。]
data(HGU.DifExp.list)
data(HGU.newnames)
## now call the format function;[＃调用格式功能;]
## this may take anywhere from several seconds to several minutes, [＃这可能需要从几秒钟到几分钟不等，]
## depending on the speed of the computer and the number of genes under[＃根据计算机的速度和基因的数目下]
## consideration[＃考虑]
HGU.prep.list <- metahdep.format(HGU.DifExp.list, HGU.newnames)
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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 00:42:07
