getPLM.es(metahdep)
getPLM.es()所属R语言包：metahdep
getPLM.es
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Calculates effect size estimates for a single study, based on a probe-level model, in preparation for a meta-analysis. It returns an ES.obj object containing the result.
计算为一个单一的研究上基于探针级模型，编制了一项荟萃分析的作用大小的估计。它返回一个ES.obj对象，其中包含的结果。
用法----------Usage----------
getPLM.es(abatch, trt1, trt2, covariates=NULL, dep.grp=NULL,
sub.gn=NULL, bg.norm=TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：abatch
An AffyBatch object containing the data of interest.
AffyBatch对象，其中包含感兴趣的数据。
参数：trt1
A vector (or list of vectors) of array indices for treatment level 1 (control). If more than one test of differential expression is to be performed (for multiple covariate levels, for example), this should be a list of vectors; each trt1 / trt2 vector pair defines a comparison of interest.
治疗1级（对照组）的数组索引的矢量（或向量列表）。如果多个差异表达的测试是要执行的（多因素的水平，例如），这应该是一个向量列表;每个trt1/trt2向量对定义了一个比较感兴趣的。
参数：trt2
A vector (or list of vectors) of array indices for treatment level 2 (treatment). If more than one test of differential expression is to be performed (for multiple covariate levels, for example), this should be a list of vectors; each trt1 / trt2 vector pair defines a comparison of interest.
治疗2级（治疗）的数组索引的矢量（或向量列表）。如果多个差异表达的测试是要执行的（多因素的水平，例如），这应该是一个向量列表;每个trt1/trt2向量对定义了一个比较感兴趣的。
参数：covariates
(optional) A data.frame object representing covariate differences, if any, among the comparisons defined by trt1 / trt2 vector pairs. This data.frame should have a named column for each covariate to be considered in the meta-analysis, regardless of whether the covariate takes on multiple values in the study represented by the abatch argument. This data.frame must have a row for each comparison of interest, as defined by the trt1 / trt2 vector pairs. Elements of this data.frame should be coded numerically.
（可选）data.frame对象的代表协trt1/trt2向量对定义的比较，如有差异，。这data.frame应该有一个为每个协命名的列被视为在荟萃分析，无论协变量是否需要多个值abatch参数为代表的研究。这data.frame必须有一排每个比较利益，trt1/trt2向量对界定。这个data.frame元素应数字编码。
参数：dep.grp
(optional) A single numeric value representing the dependence group number assigned to the study. Studies from the same research team may be considered hierarchically dependendent and share the same value.
（可选）一个单一的数值较依赖组号分配给研究。从同一个研究小组的研究，可考虑分层dependendent和共享相同的值。
参数：sub.gn
(optional) A vector of geneNames (probe set ID's); the probe-level model will only be fit for these probesets. If NULL (default), all probesets are used.
（可选）向量geneNames（探针组ID）;探针级车型将只适合这些probesets的。如果为NULL（默认），所有probesets是使用。
参数：bg.norm
(optional) A logical value specifying whether or not to perform background correction and normalization before fitting the probe-level model.
（可选）一个逻辑值，指定是否执行背景校正和标准化之前装配探针级模型。
Details
详情----------Details----------
For some subset of probesets in a gene expression study, this function calculates the effect size estimates based on Bolstad's probe-level model (Bolstad 2004), as described in Hu et al. (2006). Only two-group comparisons (treatment vs. control, for example) are supported. This is done in preparation for a meta-analysis of multiple gene expression studies.
对于一些在基因表达研究probesets的子集，这个函数计算效果大小的估计基础上Bolstad的探针级模型（Bolstad 2004年），胡锦涛等。 （2006年）。只有两个组比较（治疗与控制，例如）支持。这是在准备了多个基因表达研究的荟萃分析。
值----------Value----------
An object of class ES.obj
一个对象的类ES.obj
作者（S）----------Author(s)----------
John R. Stevens, Gabriel Nicholas
参考文献----------References----------
Cancer Informatics 2006:2 289-300.
Bioinformatics, 25(19):2619-2620.
举例----------Examples----------
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### See the metahdep package vignette for a full example [＃见metahdep包小插曲为一个完整的例子]
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注：
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发表于 2012-2-26 00:41:25
