R语言 MergeMaid包 mergeCor()函数中文帮助文档(中英文对照)

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mergeCor(MergeMaid)
mergeCor()所属R语言包：MergeMaid

                                        Class mergeCor, a class for storing data relevant to integrative correlation coefficients.
                                         mergeCor类，一类为综合相关系数相关的数据存储。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is the class representation for integrative correlation coefficients.
这是类为一体的相关系数表示。


Details

详情----------Details----------

If 'n' is the number of studies
如果“n”是研究数量


插槽----------Slots----------




pairwise.cors Object of class matrix.  Each column contains  correlation of correlation score for genes in a pair of study.
类矩阵pairwise.cors对象。每一列都包含在对基因的研究相关的相关性得分。




maxcors Object of class vector. Each slot represents maximal canonical correlation (pairwise canonical correlations) for each pair of studies.
类向量maxcors对象。每个插槽最大为每个研究对典型相关（成对的典型相关分析）。




notes Object of class vector. Each slot contains notes for each study.
Notes对象类向量。每个时隙包含每个研究的笔记。


方法----------Methods----------

Class-specific methods:
类的具体方法：




cors(mergeCor) Accessor function for the cors slot.
CORS插槽CORS（mergeCor）的存取功能。




pairs.cors( mergeCor) Accessor function for the pairwise.cors slot
pairs.cors（mergeCor）为pairwise.cors插槽存取函数




integrate.cors(mergeCor) Accessor function, returns integrative correlation (average pairwise correlation of correlations) for each gene. If adjust is TRUE, returns the integrate correlation devided by the correponding canonical correlation, and the default value is FALSE.
integrate.cors（mergeCor）存取函数，返回的每一个基因的一体化相关（平均相关的成对相关）。如果调整为TRUE，则返回整合相关典型相关correponding devided，默认值是FALSE。




maxcors(mergeCor) Accessor function, returns maximal canonical correlation (pairwise canonical correlations) for each pair of studies.
maxcors（mergeCor）存取函数，返回对每个研究最大的典型相关（成对的典型相关分析）。

Standard generic methods:
标准的通用方法：




notes (mergeCor) An accessor function for the notes slot.
票据（mergeCor）票据插槽存取功能。




hist(mergeCor,...) Draw histograms of integrative correlation, here we use the approximate method to calculate the integrative correlation.  
历史（mergeCor，...）绘制直方图的一体化相关，在这里我们使用近似方法计算综合相关。


参见----------See Also----------

mergeCor-class,intCor,modelOutcome, mergeExpressionSet-class
mergeCor-class，intCor，modelOutcome，mergeExpressionSet-class


举例----------Examples----------


  if(require(Biobase) & require(MASS)){
  data(mergeData)
  merged  <- mergeExprs(sample1,sample2,sample3)
  intcor3  <-intCor(merged,method="pearson")
  plot(merged)
  intcor2  <-intCor(merged[1:2],exact=FALSE)
  plot(merged,pch=4,col=5)

  pairwise.cors(intcor3)
  integrative.cors(intcor3)
  integrative.cors(intcor2)["Hs.12101"]
  maxcors(intcor2)
  }

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