R语言 MEDME包 CGcount()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

CGcount(MEDME)
CGcount()所属R语言包：MEDME

                                         Determining the count of CpG dinucleotides for a set of genomic locations
                                         一组基因的位置确定的CpG二核苷酸的计数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The count of CpGs is determined in each window of size wsize, with or withouth weighting, for each probe according to its position, chromosome and genome realease
在每个大小WSIZE窗口计数的CPGs确定，或withouth加权为每个探针，根据它的位置，染色体和基因组realease


用法----------Usage----------


CGcount(data, wsize = 1000, wFunction = "linear")



参数----------Arguments----------

参数：data
An object of class MEDMEset
一个类MEDMEset对象


参数：wsize
number; the size of the smoothing window, in bp  
数;平滑窗口的大小，在BP


参数：wFunction
string; the type of weighting function, to choose among linear, exp, log or none  
字符串;加权函数的类型，选择其中线性，EXP，LOG或无


Details

详情----------Details----------

Only human and mouse are currently supported. The respective genomic sequence metadata library needs to be downloaded from the Bioconductor website, installed and loaded (around 800Mb). Please
目前支持的只有人类和小鼠。各自的基因组序列的元数据库需要从Bioconductor网站下载，安装和加载（约800MB）。请


值----------Value----------

An object of class MEDMEset is returned where the count of CpGs for each probe has been saved on the CGcount slot.
返回一个类MEDMEset的对象，每个探针的CPGs计数已保存的CGcount插槽。


参见----------See Also----------

smooth
smooth


举例----------Examples----------


data(testMEDMEset)
## just an example with the first 1000 probes[＃只是一个例子，与1000探针]
testMEDMEset = smooth(data = testMEDMEset[1:1000,])
library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18)
testMEDMEset = CGcount(data = testMEDMEset)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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