MEDIPS.getPositions(MEDIPS)
MEDIPS.getPositions()所属R语言包：MEDIPS
Identifies genomic sequence pattern positions within the reference genome.
标识内参照基因组的基因组序列的模式位置。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The function identifies the genomic positions of the stated sequence pattern (e.g. CpGs). For sequence pattern that are reverse complementary, only the positions on the plus strand will be returned. Otherwise, all genomic positions of the pattern on the plus and minus strand will be returned. The reference genome is the genome (or only some chromosomes of a genome) that was specified by excecuting the MEDIPS.readAlignedSequences function.
功能标识规定的序列模式（例如的CPGs）基因组的位置。反向互补序列模式，只有加链上的位置将被退回。否则，所有基因位置上的加号和减号链模式将被退回。参考基因组的基因组（或只有一些基因组染色体）被指定通过excecuting MEDIPS.readAlignedSequences功能。
用法----------Usage----------
MEDIPS.getPositions(data = NULL, pattern = NULL)
参数----------Arguments----------
参数：data
has to be a MEDIPS SET object
是MEDIPS集对象
参数：pattern
defines the sequence pattern, e.g. CG for CpGs.
定义的序列模式，例如企业管治为的CPGs。
值----------Value----------
The slots of the stated MEDIPS SET object associated to the sequence pattern will be occupied afterwards. These are informations about the pattern itself and their chromosome and genomic positions.
规定MEDIPS集关联的对象序列模式的插槽将被占领之后。这些模式本身和他们的染色体和基因的位置信息。
作者（S）----------Author(s)----------
Joern Dietrich
举例----------Examples----------
library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)
file=system.file("extdata", "MeDIP_hESCs_chr22.txt", package="MEDIPS")
CONTROL.SET = MEDIPS.readAlignedSequences(BSgenome="BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19", file=file)
CONTROL.SET = MEDIPS.getPositions(data = CONTROL.SET, pattern = "CG")
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注：
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发表于 2012-2-26 00:37:59
