R语言 MEDIPS包 MEDIPS.exportWIG()函数中文帮助文档(中英文对照)

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MEDIPS.exportWIG(MEDIPS)
MEDIPS.exportWIG()所属R语言包：MEDIPS

                                         Exports reads per million, relative methylation score or sequence pattern density into a wiggle file.
                                         出口到摆动文件读取每万元，相对甲基得分或序列模式密度。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The funtion allows for exporting the calculated methylation values (rpm or rms) or sequence pattern denisties from a MEDIPS SET into a wiggle (WIG) file. The wiggle file contains values for all genomic bins of the genome vector and can be used for data visualization using appropiate genome browsers.
的funtion允许出口到摆动（假发）文件设置MEDIPS计算的甲基化值（rpm或RMS）或序列模式denisties。摆动文件包含所有基因组的基因向量箱的值，可以使用适当的基因组浏览器的可视化数据。


用法----------Usage----------


MEDIPS.exportWIG(data = NULL, file = NULL, raw = FALSE, descr = "", pattern.density = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：data
has to be a MEDIPS SET object  
是MEDIPS集对象


参数：file
degines the name of the exported file  
degines导出的文件名称


参数：raw
if set to TRUE, the reads per million values will be exported.  If set to FALSE, the rms values will be exported (default=FALSE).  
如果设置为TRUE，则每百万值的读取将出口。如果设置为FALSE，均方根值（默认为FALSE）将出口。


参数：descr
the exported wiggle file will include a track name and description that will be visualized by the utilized genome browser. Both, track name and description will be the same as defined here.  
出口摆动文件的将包括曲目名称和描述，将利用基因组浏览器的可视化。这里定义，曲目名称和描述将是相同的。


参数：pattern.density
if set to TRUE, the wiggle file will contain the sequence pattern densities of the coupling vector instead of the methylation values (default=FALSE).  
如果设置为TRUE，扭动文件将包含序列模式的耦合矢量密度，而不是甲基化值（默认为FALSE）。


值----------Value----------

the funtion exports the specified data from the MEDIPS SET into the stated file
在的funtion出口到规定的文件设置的MEDIPS指定的数据


作者（S）----------Author(s)----------



Lukas Chavez




举例----------Examples----------



library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)
file=system.file("extdata", "MeDIP_hESCs_chr22.txt", package="MEDIPS")
CONTROL.SET = MEDIPS.readAlignedSequences(BSgenome="BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19", file=file)
CONTROL.SET = MEDIPS.genomeVector(data = CONTROL.SET, bin_size = 50, extend = 400)

MEDIPS.exportWIG(file = "example.output.WIG", data = CONTROL.SET, raw = TRUE, descr = "example")


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