R语言 MEDIPS包 MEDIPS.CpGenrich()函数中文帮助文档(中英文对照)

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MEDIPS.CpGenrich(MEDIPS)
MEDIPS.CpGenrich()所属R语言包：MEDIPS

                                         Calculates the enrichment of provided CpG rich regions compared to the reference genome.
                                         计算所提供的CpG丰富的区域相比，参考基因组富集。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

As a quality check for the enrichment of CpG rich DNA fragments obtained by the immunoprecipitation step of a MeDIP experiment, this function provides the functionality to calculate CpG enrichment values.  The main idea is to check, how strong the regions are enriched for CpGs compared to the reference genome. For this, the function counts the number of Cs, the number of Gs, the number CpGs, and the total number of bases within the reference genome of the stated MEDIPS SET.  Subsequently, the function calculates the relative frequency of CpGs and the observed/expected ratio of CpGs present in the reference genome. Additionally, the function calculates the same for the DNA sequences underlying the given regions. The final enrichment values result by dividing the relative frequency of CpGs (or the observed/expected value, respectively) of the regions by  the relative frequency of CpGs (or the observed/expected value, respectively) of the reference genome.
此功能提供了丰富的CpG免疫沉淀一步一个MeDIP实验获得的丰富的DNA片段的质量检查，计算的CpG富集值的功能。其主要思想是检查，多么强大的区域相比，参考基因组的CPGs丰富。对于这一点，功能计数的CS，GS，数量的CPGs，碱基内的设置规定MEDIPS的参考基因组总数。随后，该函数计算的CPGs的相对频率和观察/比预期的参考基因组中存在的CPGs。此外，函数计算潜在的特定区域的DNA序列相同。最终浓缩值除以相对的CPGs频率相对的CPGs的参考基因组的频率（或观察/预期值，分别）的区域（或观察/预期值，分别）的结果。


用法----------Usage----------


MEDIPS.CpGenrich(data = data, extend = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：data
has to be a MEDIPS SET object  
是MEDIPS集对象


参数：extend
defines the number of bases by which the region will be extended before the genome vector is calculated. Regions will be extended along the plus or the minus strand as defined by their provided strand information.  
定义前计算的基因向量，将扩大该区域的碱基。区域将沿加或由他们提供的钢绞线信息定义的负链延伸。


值----------Value----------


参数：regions.CG
the numbe of CpGs within the regions
区域内的的CPGs numbe


参数：regions.C
the number of Cs within the regions
区域内的铯


参数：regions.G
the number of Gs within the regions
GS区域内的数


参数：regions.relH
the relative frequency of CpGs within the regions
区域内的相对频率的CPGs


参数：regions.GoGe
the observed/expected ratio of CpGs within the regions
区域内的CPGs观察/预计比


参数：genome.CG
the numbe of CpGs within the reference genome
内部参考基因组numbe的CPGs


参数：genome.C
the number of Cs within the reference genome
Cs的参考基因组内的数


参数：genome.G
the number of Gs within the reference genome
GS内参照基因组的数量


参数：genome.relH
the relative frequency of CpGs within the reference genome
相对频率的参考基因组内的CPGs


参数：genome.GoGe
the observed/expected ratio of CpGs within the reference genome
观察/预期的CPGs的内参照基因组的比


参数：enrichment.score.relH
regions.relH/genome.relH
regions.relH / genome.relH


参数：enrichment.score.GoGe
regions.GoGe/genome.GoGe
regions.GoGe / genome.GoGe


作者（S）----------Author(s)----------



Joern Dietrich




举例----------Examples----------



library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)
file=system.file("extdata", "MeDIP_hESCs_chr22.txt", package="MEDIPS")
CONTROL.SET=MEDIPS.readAlignedSequences(BSgenome="BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19", file=file)

enrich=MEDIPS.CpGenrich(data=CONTROL.SET)

enrich


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