R语言 MEDIPS包 MEDIPS.annotate()函数中文帮助文档(中英文对照)

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MEDIPS.annotate(MEDIPS)
MEDIPS.annotate()所属R语言包：MEDIPS

                                         Funtion to annotate given genomic coordinates.
                                         funtion注释基因组坐标。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function annotates any matrix containing genomic coordinates (region) by a given annotation file (anno) containing genomic regions of interest. During a typical MEDIPS workflow, this is of interest for anotating identified differentially methylated regions (DMRs) derived after having xcecuted the MEDIPS.selectSignificants() or MEDIPS.mergeFrames() function.  For annotating DMRs, you have to provide an annotation file that contains pre-defined ROIs. For each provided region, the function returns all annotations from the provided annotation file. In case there are several overlapping annotations, the region is returned several times in sparated rows, each row associated to one annotation.
函数诠释任何基质，含有基因组坐标（区域）由一个给定的注解文件（ANNO）含有基因组区域的利益。在一个典型的工作流程MEDIPS，这是为anotating差异甲基化区域（DMRs）的MEDIPS.selectSignificants（）或MEDIPS.mergeFrames（）函数xcecuted后所得的利息。你对于标注DMRs，必须提供一个注解文件包含预定义的投资回报。对于每个区域，该函数返回从提供的注释文件的所有注释。万一有几个重叠的注解，返回该区域多次分拆结构，行，每行一个注解相关。


用法----------Usage----------


MEDIPS.annotate(region, anno)



参数----------Arguments----------

参数：region
a matrix that contains row-wise genomic regions, e.g. DMRs. The columns are: chromosome, start,  stop.  
包含行明智的基因组区域，如矩阵DMRs。栏目有：染色体，启动，停止。


参数：anno
the annotation data object contains row-wise the genomic coordinates of annotations. The columns are: chromosome, start, stop, ID  
注释数据对象包含逐行注释的基因组坐标。栏目有：染色体，启动，停止编号


值----------Value----------

The annotation function returns a matrix where the rows contain the regions from the given frames object (here DMRs) and the columns are:
行包含从给定的帧对象（这里DMRs）的区域和列注释的函数返回一个矩阵：


参数：chr
the chromosome name of the DMR
染色体的DMR名称


参数：start
the start position of the DMR
起始位置的DMR


参数：stop
the stop position of the DMR
停止位置的DMR


参数：annotation
the name of the annotation
标注的名称


作者（S）----------Author(s)----------



Joern Dietrich




举例----------Examples----------



region = list(chr="chr22", start=25170186, stop=25170687)
anno = system.file("extdata", "hg19.chr22.txt", package="MEDIPS")

annotated = MEDIPS.annotate(region=region, anno=anno)

annotated


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