R语言 mBPCR包 importCNData()函数中文帮助文档(中英文对照)

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importCNData(mBPCR)
importCNData()所属R语言包：mBPCR

                                        Import the copy number data
                                         导入拷贝数数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to  import the raw copy number data from a tab delimited file.
功能导入数字数据从一个制表符分隔的文件的原始副本。


用法----------Usage----------


  importCNData(path, NRowSkip, ifLogRatio=1)



参数----------Arguments----------

参数：path
path of the tab delimited file containing the copy number data. The file must contain a table, where in the first column there are the names of the probes (snpName), in the second one, the chromosome to which each probe belongs (the possible values of the chromosomes are: the integers from 1 to 22, 'X' and 'Y'), in the third one, the phisical positions of the probes and in the forth one, the copy number data.
制表符分隔的文件，拷贝数数据的路径。该文件必须包含一个表，在第一列有探针（snpName）在第二个，每个探针属于染色体（染色体的可能值，名称：从1到22的整数，“X”和“Y”），在第三个探针的物理性位置，并在规定之一，拷贝数数据。


参数：NRowSkip
number of row to skip in the file, before the table. The names of the columns are to be skipped.
表之前，跳过该文件的行数。列的名称将被跳过。


参数：ifLogRatio
denotes if the data are either the log2ratio of raw copy number data or raw copy number data. By default, they are considered as log2ratio data, otherwise (ifLogRatio=0) they are transformed in log2ratio data.
表示，如果数据是原始拷贝数的数据或原始拷贝数数据log2ratio。默认情况下，他们被视为log2ratio数据，否则（ifLogRatio=0）他们在log2ratio数据转化。


值----------Value----------

A list containing:
一份列表，列出：


参数：<code>snpName</code>
an array containing the names of the probes
一个数组，包含探针的名称


参数：<code>chr</code>
an array containing the name of the chromosome to which each probe belongs
一个数组，包含每个探针属于染色体的名称


参数：<code>position</code>
an array containing the physical position of each probe
一个数组，包含每个探针的物理位置


参数：<code>logratio</code>
an array containing the log2ratio of the raw copy number data
一个数组，包含的原始拷贝数数据log2ratio


举例----------Examples----------



###import the 10K data of cell line REC[＃导入单元株拍摄10K数据]
path <- system.file("extdata", "rec10k.txt", package = "mBPCR")
rec10k <- importCNData(path, NRowSkip=1)
plot(rec10k$position[rec10k$chr == 3], rec10k$logratio[rec10k$chr == 3])            

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