R语言 MBCB包 mbcb.correct()函数中文帮助文档(中英文对照)

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mbcb.correct(MBCB)
mbcb.correct()所属R语言包：MBCB

                                        MBCB - Model-Based Background Correction for Illumina Beadarray
                                         MBCB  -  Illumina公司Beadarray基于模型的背景校正

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is used to background-correct the provided data using the selected correction methods. Normalization is not applied.<br>
此功能用于背景更正所提供的数据，使用选定的校正方法。不适用标准化参考。


用法----------Usage----------


mbcb.correct (g,
  control,
  npBool=TRUE,
  rmaBool=FALSE,
  mleBool=FALSE,
  bayesBool=FALSE,
  gmleBool=FALSE,
  iter=500,
  burn=200,
  isRawBead=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：g
The data representing the signal file.  
代表信号文件的数据。


参数：control
The data representing the control file.  
代表控制文件的数据。


参数：npBool
A boolean value representing the desire to compute the non-parametric background correction values. Set to true if you wish to compute Non-Parametric background correction.
一个布尔值，表示的愿望来计算非参数校正背景值。如果你想计算非参数背景校正设置为true。


参数：rmaBool
A boolean value representing the desire to compute the RMA background correction values. Set to true if you wish to compute RMA background correction.
一个布尔值，表示的愿望来计算的RMA校正背景值。如果你想计算RMA背景校正设置为true。


参数：mleBool
A boolean value representing the desire to compute the MLE background correction values. Set to true if you wish to compute MLE background correction.
一个布尔值，代表愿望计算MLE的背景修正值。如果你想计算MLE的背景校正设置为true。


参数：bayesBool
A boolean value representing the desire to compute the Bayes background correction values. Set to true if you wish to compute Bayes background correction.
一个布尔值来计算贝叶斯校正背景值代表的愿望。如果你想计算贝叶斯背景校正设置为true。


参数：gmleBool
A boolean value representing the desire to compute the GMLE background correction values. Set to true if you wish to compute GMLE background correction.
一个布尔值，代表愿望计算的GMLE的背景修正值。设置为true，如果你愿意，计算GMLE背景校正。


参数：iter
The iteration count; only used in Bayesian correction.  
迭代次数;仅用于贝叶斯校正。


参数：burn
The number of iterations which will be burned; only used in Bayesian correction.  
迭代次数将被烧毁，仅用于贝叶斯校正。


参数：isRawBead
A boolean value representing whether the input files are bead-level or bead-type. If the input is bead-level, set this value to True so that the raw bead-level values can be summarized to bead-type data.
一个布尔值，表示是否输入文件珠或珠型。如果输入的是珠，将此值设置为True，使原料珠值可以概括珠类型的数据。


值----------Value----------

This function returns a complex list which can be grouped into two categories:<br> Background-corrected Values:<br>
这个函数返回一个复杂的列表可以分为两类：背景校正的参考值：参考




NP: The background corrected values of the Non-Parametric method (or an empty data.frame if this method was not used).
的NP：背景校正的非参数方法的价值（或空数据框，如果不使用这种方法）。




RMA: The background corrected values of the RMA method (or an empty data.frame if this method was not used).
RMA的背景纠正的RMA方法（或如果不使用这种方法是一个空数据框）的值。




MLE: The background corrected values of the MLE method (or an empty data.frame if this method was not used).
MLE的背景修正值的MLE的方法（或空数据框，如果不使用这种方法）。




Bayes: The background corrected values of the Bayesian method (or an empty data.frame if this method was not used).
贝氏：背景修正值的贝叶斯方法（或空数据框，如果不使用这种方法）。

Average Values<br>
参考平均值




AvgNP: A data.frame of statistics pertaining to the average of the NP normalization method (or an empty data.frame if this method was not used).
AvgNP：关于NP的归一化法（或如果不使用这种方法是一个空数据框）的平均统计数据框。




AvgRMA: A data.frame of statistics pertaining to the average of the RMA method (or an empty data.frame if this method was not used).
AvgRMA：有关的RMA方法（或如果不使用这种方法是一个空数据框）的平均统计数据框。




AvgMLE: A data.frame of statistics pertaining to the average of the MLE method (or an empty data.frame if this method was not used).
AvgMLE：平均MLE的方法（或如果不使用这种方法是一个空数据框）有关的统计数据框。




AvgBayes: A data.frame of statistics pertaining to the average of the Bayesian method (or an empty data.frame if this method was not used).
AvgBayes：平均贝叶斯方法（或如果不使用这种方法是一个空数据框）有关的统计数据框。

These values have not been normalized or log2 transformed. See mbcb.main for such functionality.
这些值尚未标准化，或转化的log2。看到mbcb.main等功能。


作者（S）----------Author(s)----------


Yang Xie <a href="mailto: Yang.Xie@UTSouthwestern.edu"> Yang.Xie@UTSouthwestern.edu</a>, Min Chen <a href="mailto: min.chen@phd.mccombs.utexas.edu"> min.chen@phd.mccombs.utexas.edu</a>, Jeff Allen <a href="mailto: Jeffrey.Allen@UTSouthwestern.edu"> Jeffrey.Allen@UTSouthwestern.edu</a>



参见----------See Also----------

mbcb.main
mbcb.main


举例----------Examples----------


  data(MBCBExpressionData)
  mbcb.correct(expressionSignal, negativeControl);                           

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