R语言 MassArray包 inSilicoFragmentation()函数中文帮助文档(中英文对照)

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inSilicoFragmentation(MassArray)
inSilicoFragmentation()所属R语言包：MassArray

                                         In silico fragmentation
                                         在硅片碎片

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to perform a complete in silico fragmentation of input sequence. Provides wrapper to a number of different functions, each of which determines additional information about each fragment.
函数执行一个完整的硅片碎裂的输入序列。提供包装一些不同的功能，每个决定每个片段的其他信息。


用法----------Usage----------


inSilicoFragmentation(sequence, fwd.tag = "", rev.tag = "", type = c("T", "C"), lower.threshold = 1500, upper.threshold = 7000, fwd.primer = 0, rev.primer = 0, multiple.conversion = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：sequence
Nucleotide sequence input as a character string  
核苷酸序列输入字符串


参数：fwd.tag
Nucleotide tag sequence 5' of the forward primer
核苷酸标签序列的正向引物5


参数：rev.tag
T7-containing nucleotide tag sequence 5' of the reverse primer
含T7  - 核苷酸标记序列的反向引物5


参数：type
One of 'T' or 'C' indicating which cleavage reaction to use  
一个“T”或“C”表示使用的裂解反应


参数：lower.threshold
Lower limit (in Da) of usable mass window (default: 1500)
可用质量窗口下限（大）（默认是：1500）


参数：upper.threshold
Upper limit (in Da) of usable mass window (default: 7000)
可用的质量窗口（大）的上限（默认是：7000）


参数：fwd.primer
Length (in bp) of forward primer
正向引物的长度（BP）


参数：rev.primer
Length (in bp) of reverse primer
反向引物的长度（BP）


参数：multiple.conversion
Logical value specifying whether or not to include multiple CGs on the same conversion control fragment where possible (default is FALSE).
逻辑值，指明是否包括多个相同的转换控制片段，在可能的情况下（默认为FALSE）CGS。


Details

详情----------Details----------

In silico fragmentation analysis includes RNAse A digestion, peak mapping and overlap detection, CG detection, assayability and conversion controls.
在硅片碎片分析，包括一个RNA酶消化，峰值映射和重叠检测，CG检测，assayability和转换控制。


值----------Value----------

Returns a list of MassArrayFragment objects, each with extensive contextual and other information
返回MassArrayFragment对象名单，每一个具有广泛的背景和其他信息


作者（S）----------Author(s)----------


Reid F. Thompson (<a href="mailto:rthompso@aecom.yu.edu">rthompso@aecom.yu.edu</a>), John M. Greally (<a href="mailto:jgreally@aecom.yu.edu">jgreally@aecom.yu.edu</a>)



参见----------See Also----------

See Also as MassArrayFragment
另见MassArrayFragment


举例----------Examples----------


inSilicoFragmentation("GGGTTAGTCC")

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注：
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