R语言 MassArray包 identifySNPs()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

identifySNPs(MassArray)
identifySNPs()所属R语言包：MassArray

                                         Identify SNPs
                                         识别单核苷酸多态性

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to identify potential single nucleotide polymorphisms (SNPs) which allow mapping of a novel peak sequence to the expected amplicon sequence
功能，以确定潜在的单核苷酸多态性（SNP），使预期的扩增序列映射到一个新的高峰序列


用法----------Usage----------


identifySNPs(peak.sequence, sequence, rxn = c("T", "C"))



参数----------Arguments----------

参数：peak.sequence
Nucleotide sequence (can also be base composition - ex: "A6G2C1T3") as a character string  
作为一个字符串的核苷酸序列（也可以是碱基组成 - 例如：“A6G2C1T3”）


参数：sequence
Nucleotide sequence for wildtype/expected amplicon as a character string  
核苷酸序列为野生型/字符串预期的扩增


参数：rxn
One of "T" or "C" specifying which cleavage reaction to use for SNP analysis  
一个“T”型或“C”指定用于SNP分析裂解反应


Details

详情----------Details----------

The algorithm steps through the sequence, substituting one nucleotide at a time with the other three base pairs or a blank character (deletion), in order to determine a base compositional match to the input peak.sequence which represents a peak not found in the native sequence.
通过sequence代核苷酸在时间与其他3个碱基对或一个空白字符（删除），以该算法的步骤，以确定输入peak.sequence这代表了一个基本的作曲比赛峰没有发现本地sequence。


值----------Value----------

Returns a list of potential SNP matches for the input peak.sequence. Each element of the list contains multiple items as follows:
返回输入peak.sequence潜在的SNP比赛名单。列表中的每个元素都包含多个项目如下：


参数：sequence
corresponds to peak.sequence
对应peak.sequence


参数：position
corresponds to the matched position within sequence
对应的匹配的位置在sequence


参数：base
corresponds to the altered nucleotide (i.e. "A", "T", "C", "G", or "")
对应于核苷酸的改变（即“一”，“T”型，“C”“G”或“”）


参数：type
corresponds to the class of SNP (i.e. "substitution" or "deletion")
对应的类的SNP（即“替代”或“删除”）


作者（S）----------Author(s)----------


Reid F. Thompson (<a href="mailto:rthompso@aecom.yu.edu">rthompso@aecom.yu.edu</a>), John M. Greally (<a href="mailto:jgreally@aecom.yu.edu">jgreally@aecom.yu.edu</a>)



举例----------Examples----------


## SINGLE SUBSTITUTION[＃单一替代]
identifySNPs("AAGT","AATTTT")
## MULTIPLE SUBSTITUTION POSSIBILITIES[＃多替代的可能性]
identifySNPs("A1G1T1","AATTTT")
## DELETION[＃删除]
identifySNPs("AAT","AGATTTT")

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