R语言 MassArray包 evaluateSNPs()函数中文帮助文档(中英文对照)

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evaluateSNPs(MassArray)
evaluateSNPs()所属R语言包：MassArray

                                         Evaluate SNPs
                                         评估单核苷酸多态性

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to analyze a MassArrayData object for all potential single nucleotide polymorphisms (SNPs) indicated by new and/or missing peaks in the the spectral data for one or more samples
功能分析1 MassArrayData对象为所有新的和/或丢失一个或多个样品的光谱数据峰表示潜在的单核苷酸多态性（SNP）


用法----------Usage----------


evaluateSNPs(x, verbose = TRUE, plot = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：x
MassArrayData object containing spectral data for one or more samples  
MassArrayData对象包含一个或多个样品的光谱数据


参数：verbose
Logical specifying whether or not to display descriptive progress updates as SNPs are analyzed  
逻辑指定是否显示描述的最新进展，为单核苷酸多态性分析


参数：plot
Logical specifying whether or not to display graphical representation of fragmentation profiles (default is TRUE)
逻辑指定是否显示碎片型材图形表示（默认是TRUE）


Details

详情----------Details----------

This function performs an exhaustive search for all potential SNPs (single base pair substitutions or deletions) that may give rise to new and/or missing peaks.  Graphical output is displayed  by default, and extensive data describing putative SNPs is also returned.
这个函数执行穷举搜索所有潜在的SNPs（单碱基替换或删除），可能会引起新的和/或失踪峰。图形输出显示默认情况下，也将返回大量的数据描述假定的单核苷酸多态性。

Note that the graphical output does not contain a built-in legend at this time, but the plot may be interepreted as follows:  In the uppermost panel the T-cleavage fragmentation profile is shown for a given amplicon (C-cleavage reactions occupy a split screen whenever relevant). CG dinucleotides (filled circles) are numbered and colored in blue. Other fragments are colored  according to their ability to be assayed:  fragment molecular weight outside the testable mass window (gray), fragment molecular weight overlapping with another fragment (red), fragment  containing a potential conversion control (green), or fragment uniquely assayable but containing no CGs (black). Putative SNPs are shown directly below their location within the amplicon  fragmentation profile. Each row represents analysis from a single sample. Small, gray symbols represent potential SNPs that do not have sufficient evidence (presence of a new peak with  corresponding absence of an expected peak). Larger black symbols indicate a potential SNP with both new peaks and missing expected peaks. Triangles indicate base pair substitution, while  circles indicate single base pair deletion.
注意图形输出中不包含一个内置的传说在这个时候，但图可interepreted如下：对于一个给定的扩增（C  - 裂解反应占据了分裂显示在顶部面板中的T-裂解碎片的文件屏幕上时，有关）。编号的CG二核苷酸（实心圆）和蓝色。其他碎片的颜色根据自己的能力进行检测：片段的分子量测试的质量窗口（灰色）外，另一个片段（红色）重叠的片段分子量，片段含有一个潜在的转换控制（绿色），或片段唯一assayable不包含CGS（黑）。假定的单核苷酸多态性直接低于其内扩增碎片概要的位置。每一行代表从单个样品的分析。小的，灰色的符号表示潜在的SNPs，没有足够的证据证明存在一个新的高峰与相应的预期峰没有。较大的黑色符号表示一个潜在的SNP新的高峰和失踪的预期峰。三角形表示碱基替换，而圆圈表示单碱基缺失。


值----------Value----------

Returns a list of potential SNPs for each identified new peak in the spectral data.  Note that each new peak may be explained by any number of potential SNPs; the list returned only includes the most reliable hits, but the redundant nature of the data necessitates returning a nested list, such that each new peak is associated with the following list elements:
返回一个潜在的单核苷酸多态性的名单为每个光谱数据确定了新的高峰。请注意，每个新的高峰，可通过任何潜在的SNPs解释;返回列表只包括最可靠的命中，但数据的冗余性，必须返回一个嵌套列表，如以下列表中的元素相关联的每一个新的高峰：


参数：SNP
Contains a list of SNPs, each of which takes the form "position:base" where position is the base pair location within the amplicon sequence, and base is the mutated character
包含一个单核苷酸多态性的列表，每个的形式为“position：base”position是在扩增序列的碱基对的位置，base突变的字符


参数：SNR
Contains a numerical list of signal-to-noise ratios corresponding to the expected original peak for the fragment mapping to the identified SNP position
包含一个信号噪声比预期的片段映射的原始峰值鉴定的SNP的位置对应的数值列表


参数：fragment
Contains a numerical list of fragment IDs which map the SNP position to a specific fragment
包含映射SNP的位置到一个特定的片段一个片段的ID数值列表


参数：SNP.quality
Contains a numerical list (values ranging from 0 to 2, with 0 being a highly unlikely SNP and 2 being a SNP with increased likelihood.  This number is calculated as a function of new peak SNR and expected peak SNR.
包含一个数值列表（值范围从0到2，0是不大可能的SNP和2是一个SNP的可能性增加。这个数字作为计算功能的新的峰值信噪比和预期的峰值信噪比。


参数：samples
Contains a list of samples whose spectral data contained the given new peak
包含一个样品的光谱数据中包含的新的高峰列表


参数：count
Specifies the number of unique SNP and sample pairs, exactly equivalent to the length of SNP, SNR, fragment, SNP.quality, or samples
独特的SNP和样本对指定的数量，完全等同的长度的SNP，SNR，fragment，SNP.quality或samples的


作者（S）----------Author(s)----------


Reid F. Thompson (<a href="mailto:rthompso@aecom.yu.edu">rthompso@aecom.yu.edu</a>), John M. Greally (<a href="mailto:jgreally@aecom.yu.edu">jgreally@aecom.yu.edu</a>)



参见----------See Also----------

See Also identifySNPs
另见identifySNPs


举例----------Examples----------


data(MassArray.example.data)
SNP.data <- evaluateSNPs(MassArray.example.data[2,])

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注：
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