R语言 MassArray包 estimatePrimerDimer()函数中文帮助文档(中英文对照)

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estimatePrimerDimer(MassArray)
estimatePrimerDimer()所属R语言包：MassArray

                                         Estimate Primer Dimers
                                         估计引物二聚体

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to estimate level of signal due to primer dimers in a given spectrum
在一个给定的频谱函数来估计信号电平，由于引物二聚体


用法----------Usage----------


estimatePrimerDimer(fragments, peaks, method = c("ratio", "mann-whitney"))



参数----------Arguments----------

参数：fragments
List of MassArrayFragment objects corresponding to the sample  
相应的样品MassArrayFragment对象名单


参数：peaks
List of MassArrayPeak objects comprising spectral data for a complete assay  
MassArrayPeak对象的名单，其中包括一个完整的分析的光谱数据


参数：method
Specifies which algorithm to use when estimating primer dimer levels (either "ratio" or "mann-whitney")  
指定使用哪种算法估算引物二聚体水平（无论是"ratio"或"mann-whitney"）


Details

详情----------Details----------

Primer dimers are calculated by: 1) identifying fragments that occur within the expected primer sequence, 2) identifying which of these fragments is assayable, and 3) comparing the overall signal for primer peaks and peaks from the rest of the amplicon.
引物二聚体的计算方法如下：1）确定片段内出现预期的引物序列，2）确定这些碎片，这是assayable，3）比较，其余的扩增引物峰和峰的整体信号。


值----------Value----------

Returns a list containing primer dimer ratios or significance estimates (i.e. p-values) depending on the analytical method specified ("ratio" or "mann-whitney", respectively).  Returns "NA" in cases where insufficient data is present to calculate primer dimer levels.
返回一个列表，其中包含引物二聚体的比例或意义的估计（即p值），根据分析指定的方法（"ratio"或"mann-whitney"，分别）。返回"NA"数据不足是目前计算引物二聚体水平的情况。


作者（S）----------Author(s)----------


Reid F. Thompson (<a href="mailto:rthompso@aecom.yu.edu">rthompso@aecom.yu.edu</a>), John M. Greally (<a href="mailto:jgreally@aecom.yu.edu">jgreally@aecom.yu.edu</a>)



参见----------See Also----------

See Also MassArrayData
另见MassArrayData


举例----------Examples----------


data(MassArray.example.data)
primer.data <- estimatePrimerDimer(MassArray.example.data$fragments.T, MassArray.example.data$samples[[1]]$peaks, "ratio")
mean(primer.data)
primer.data <- estimatePrimerDimer(MassArray.example.data$fragments.T, MassArray.example.data$samples[[1]]$peaks, "mann-whitney")
mean(primer.data)

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