R语言 MassArray包 ampliconPrediction()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ampliconPrediction(MassArray)
ampliconPrediction()所属R语言包：MassArray

                                         Amplicon prediction
                                         扩增预测

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to predict amplicon fragmentation pattern and details for T&C reactions on the plus and minus strands
函数T＆C反应扩增破碎化格局和细节上的加号和减号股预测


用法----------Usage----------


ampliconPrediction(sequence, lower.threshold = 1500, upper.threshold = 7000, fwd.tag = "AGGAAGAGAG", rev.tag = "AGCCTTCTCCC", plot = TRUE, table = TRUE, lwd = 1, cex = 1, multiple.conversion = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：sequence
Nucleotide sequence input as a character string  
核苷酸序列输入字符串


参数：lower.threshold
Lower limit (in Da) of usable mass window (default: 1500)
可用质量窗口下限（大）（默认是：1500）


参数：upper.threshold
Upper limit (in Da) of usable mass window (default: 7000)
可用的质量窗口（大）的上限（默认是：7000）


参数：fwd.tag
Nucleotide tag sequence 5' of the forward primer
核苷酸标签序列的正向引物5


参数：rev.tag
T7-containing nucleotide tag sequence 5' of the reverse primer
含T7  - 核苷酸标记序列的反向引物5


参数：plot
Logical specifying whether or not to display graphical representation of fragmentation profiles (default is TRUE)
逻辑指定是否显示碎片型材图形表示（默认是TRUE）


参数：table
Logical specifying whether or not to return tabular representation of fragmentation profiles (default is TRUE)  
逻辑指定是否返回碎片型材表格形式（默认是TRUE）


参数：lwd
The line width used for fragmentation display, a positive number, defaulting to 1
用于碎片显示，线宽为正数，默认1


参数：cex
A numerical value (defaulting to 1) giving the amount by which plotting text and symbols should be magnified relative to the default
一个数值（默认为1）给予的数额由绘制的文本和符号相对应放大默认


参数：multiple.conversion
Logical value specifying whether or not to include multiple CGs on the same conversion control fragment where possible (default is FALSE).
逻辑值，指明是否包括多个相同的转换控制片段，在可能的情况下（默认为FALSE）CGS。


Details

详情----------Details----------

Plotted fragmentation patterns contain a number of detailed features including: CG positions, molecular weight overlaps, conversion controls, fragment assayability, and more.
绘制碎片模式，包含详细的功能，包括：重心位置，分子量重叠，转换控制，assayability片段，以及更多。

Note that the graphical output does not contain a built-in legend at this time, but the plot may be interepreted as follows:  Putative fragmentation patterns are shown for T and C-cleavage reactions on both the plus and minus strands of an input amplicon, with the T-forward, T-reverse, C-forward, and C-reverse  shown in descending order. CG dinucleotides (filled circles) are numbered and colored in blue. Other fragments are colored according to their ability to be assayed:  fragment molecular  weight outside the testable mass window (gray), fragment molecular weight overlapping with another fragment (red), fragment containing a potential conversion control (green), or  fragment uniquely assayable but containing no CGs (black). Linked arrowheads denote molecular weight overlaps between multiple CG-containing fragments. Yellow highlights represent  tagged or primer sequences, while lavender highlights denote user-specified "required" sites.
注意图形输出中不包含一个内置的传说，但此时的图，可作为interepreted如下：假定碎片图案的T-裂解反应显示输入扩增的加号和减号股， T型，T型反向的C-向前，和C-扭转降序显示。编号的CG二核苷酸（实心圆）和蓝色。其他碎片的颜色根据自己的能力进行检测：片段的分子量测试的质量窗口（灰色）外，另一个片段（红色）重叠的片段分子量，片段含有一个潜在的转换控制（绿色），或片段唯一assayable不包含CGS（黑）。链接箭头表示分子量多个含重心片段之间的重叠。黄色亮点代表标签或引物序列，而薰衣草的亮点表示用户指定的“所需”的网站。


值----------Value----------

If table is TRUE, returns a list containing the following items:
如果table是TRUE，返回一个列表，其中包含下列项目：


参数：summary
A summary matrix of logical values specifying whether or not each CG is assayable by a given combination of cleavage reaction and DNA strand
摘要矩阵的逻辑值，指定是否每个企业管治是由裂解反应和DNA结合assayable


参数：counts
A numerical tally of the quantity of CGs that are assayable by each assay
每个检测assayable一个的CGS数量的数值相符


作者（S）----------Author(s)----------


Reid F. Thompson (<a href="mailto:rthompso@aecom.yu.edu">rthompso@aecom.yu.edu</a>), John M. Greally (<a href="mailto:jgreally@aecom.yu.edu">jgreally@aecom.yu.edu</a>)  



举例----------Examples----------


ampliconPrediction("TGGAACACCCAGCAAAGATCAAGCAGGAAAGGGCGCACGCAGCCTTCGTTGCTAACCTCCTCTGGACTCTGGTACCCCAGGCACCGCGAATGCTCCCCACCTCAGCCCCCTGACCTTTACCATCGCTGAAGCGGGCGTCGCTGATGTCTGCGGCGAGCCTGCCGACCAGCCCAGCTGCCCAGAGGAGCAGCCAGGCAAGGGCGCTGGCAGCCAGGACGCCGGAGCCCGACGCCCGAGAGGGGCGCGCGGAGCAAGCTGCGGTCACGGGAGGAACCTGAGCACGCAGAGCGTACCCCCACCTTCCACGGTGACCCGGACAGAACGCTCCTTGCGCTCCCACCCTAGGACCCCCTGTAACTCCAGGTTCCTGAGA")

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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