maImage.func(marray)
maImage.func()所属R语言包:marray
Color image for cDNA microarray spot statistics
cDNA微阵列点统计的彩色图像
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function creates spatial images of shades of gray or colors that correspond to the values of a statistic for each spot on the array. The statistic can be the intensity log-ratio M, a spot quality measure (e.g. spot size or shape), or a test statistic. This function can be used to explore whether there are any spatial effects in the data, for example, print-tip or cover-slip effects. This function is called by maImage.
这个函数创建空间图像的灰色阴影或颜色的阵列上的每个点对应的统计值。统计数比M的强度,现货质量的措施(如光斑大小或形状),或一个测试统计。这个功能可以被用来研究是否有空间数据中的任何影响,例如,打印头或盖防滑效果。此功能被称为maImage。
用法----------Usage----------
maImage.func(x, L, subset=TRUE, col=heat.colors(12), contours=FALSE, overlay=NULL, ol.col=1, ...)
参数----------Arguments----------
参数:x
A "numeric" vector of spot statistics.
现场统计的一个“数字”的向量。
参数:L
An object of class "marrayLayout", if L is missing we will assume the dimension of x.
一个类的对象"marrayLayout",如果L丢失,我们将假设x维度。
参数:subset
A "logical" or "numeric" vector indicating the subset of spots to display on the image.
“逻辑”或“数字”向量表示子集点上显示的图像。
参数:col
A list of colors such as that generated by rainbow, heat.colors, topo.colors, terrain.colors, or similar functions. In addition to these color palette functions, a new function maPalette was defined to generate color palettes from user supplied low, middle, and high color values.
颜色,如彩虹,heat.colors,topo.colors,terrain.colors,或类似职能的产生名单。除了这些调色板功能,一个新的功能maPalette被定义为从用户产生的调色板提供了低,中,高色值。
参数:contours
If contours=TRUE, contours are plotted, otherwise they are not shown.
如果contours=TRUE,轮廓绘制,否则他们不会被显示。
参数:overlay
A logical vector of spots to be highlighted on the image plots.
需要强调的一个逻辑点向量上的影像图。
参数:ol.col
Color of the overlay spots.
覆盖点的颜色。
参数:...
Optional graphical parameters, see par.
可选的图形参数,请参阅par。
作者(S)----------Author(s)----------
Sandrine Dudoit, <a href="http://www.stat.berkeley.edu/~sandrine">http://www.stat.berkeley.edu/~sandrine</a>.
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
image, maImage, maColorBar, maPalette.
image,maImage,maColorBar,maPalette。
举例----------Examples----------
# See examples for image.[看到的图像的例子。]
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