R语言 MantelCorr包 PermutatonTest()函数中文帮助文档(中英文对照)

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PermutatonTest(MantelCorr)
PermutatonTest()所属R语言包：MantelCorr

                                         Permutation Test for Dissimilarity Matrices
                                         相异矩阵的置换试验

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

'PermutationTest' computes and returns an empirical p-value from a  null distribution generated by permuting 'Dfull' a total of 'num.per' times.
“PermutationTest计算，并返回一个通过置换的”Dfull共num.per“时代产生一个空分布的实证p值。


用法----------Usage----------


PermutationTest(Dfull, Dsubsets, num.per, num.chips, alpha)



参数----------Arguments----------

参数：     Dfull
dissimilarity matrix from the original (p x n) microarray expression data
从原始（PXN）微阵列基因表达数据的相异矩阵


参数：     Dsubsets
dissimilarity matrices from each k disjoint clusters returned by 'GetClusters'
每k个不相交聚类的相异矩阵返回GetClusters“


参数：     num.per   
number of permutations  
排列数


参数：     num.chips
number of samples, 'n' from the original (p x n) data matrix  
样本数，N从原始数据矩阵（PXN）


参数：     alpha     
desired level of significance
所需水平的意义


Details

详情----------Details----------

For each permutation, k Mantel correlations are computed by correlating the permuted 'Dfull' with each dissimilarity matrix 'Dsubsets' from the 'k' clusters returned by 'GetClusters'.  The absolute value of the maximum Mantel cluster correlation is retained at each permutation.  These 'num.per' maximum correlations are then used to generate a null distribution for distance metric independence, with the p-value taken from the (1 - 'alpha') percentile of this permutation distribution.
对于每一个排列，K曼特尔相关计算关联置换Dfull每个相异矩阵Dsubsets，了k聚类GetClusters“返回。最大曼特尔聚类相关的绝对值保留在每个置换。这些num.per“最大的相关性，然后用来产生一个距离度量独立的空分布，p值从（1  - ”阿尔法“）采取的这种排列分布的百分。


值----------Value----------

returns the permuted p-value for the 'alpha' selected level of significance
返回置换p值选定为“阿尔法”的显着性水平


警告----------Warning----------

(p x n) data matrix should be numeric (e.g. gene-expression levels)
（PXN）数据矩阵应该是数字（如基因表达水平）


注意----------Note----------

The function is meant to be executed AFTER 'GetClustes', 'DistMatrices' and 'MantelCorr' (see example)
该函数是意味着要后GetClustes“的执行，DistMatrices和MantelCorr”（见例子）


作者（S）----------Author(s)----------


Brian Steinmeyer



参见----------See Also----------

'GetClusters' 'DistMatrices' 'MantelCorrs'
GetClustersDistMatrices“MantelCorrs”


举例----------Examples----------



# simulate a p x n microarray expression dataset, where p = genes and n = samples[apxn模拟芯片表达数据集，其中p =基因和N =样本]
data.sep <- rbind(matrix(rnorm(1000), ncol=50), matrix(rnorm(1000, mean=5), ncol=50))
noise <- matrix(runif(40000), ncol=1000)
data <- t(cbind(data.sep, noise))
data <- data[1:200, ]
# data has p = 1,050 genes and n = 40 samples[数据有p = 1,050基因和N = 40个样本]

clusters.result <- GetClusters(data, 100, 100)
dist.matrices <- DistMatrices(data, clusters.result$clusters)
mantel.corrs <- MantelCorrs(dist.matrices$Dfull, dist.matrices$Dsubsets)
permutation.result <- PermutationTest(dist.matrices$Dfull, dist.matrices$Dsubsets, 100, 40, 0.05)


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