R语言 MANOR包 report.plot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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report.plot(MANOR)
report.plot()所属R语言包：MANOR

                                        Array image and a genomic representation of a normalized arrayCGH
                                         图像阵列和基因组归一arrayCGH表示

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Displays an array image and a genomic representation of a normalized arrayCGH.
显示一个数组的形象和归一arrayCGH基因表示。


用法----------Usage----------


## S3 method for class 'arrayCGH'
report.plot(arrayCGH, x="PosOrder", y=c("LogRatioNorm",
  "LogRatio"), chrLim=NULL, layout=TRUE, main=NULL, zlim=NULL, ...)
## Default S3 method:[默认方法]
report.plot(spot.data, clone.data, design, x="PosOrder",
  y=c("LogRatioNorm", "LogRatio"), chrLim=NULL, layout=TRUE, main=NULL,
  zlim=NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：arrayCGH
an object of type arrayCGH.
类型arrayCGH的对象。


参数：spot.data
data.frame with spot-level information to be passed to arrayPlot.
被传递到arrayPlot的点级别的信息数据框。


参数：clone.data
data.frame with clone-level information to be passed to genome.plot.
被传递到genome.plot的数据框克隆级信息。


参数：design
vector of length 4 with array design: number of blocks per column and per row, number of columns and rows per block.
向量与阵列的设计长度为4：每列和每行，每块的列和行的数目的块数。


参数：x
a variable name from arrayCGH\$cloneValues giving the order position of the clones along the genome.
从arrayCGH \ $ cloneValues沿基因的克隆的顺序位置的变量名。


参数：y
a vector of one or two variable names to be plotted on the array and along the genome. The first one is taken from arrayCGH\$arrayValues and is plotted on the array; the second one (or the first one if only one name was provided) is taken from arrayCGH\$cloneValues and is plotted along the genome.
要绘制一个或两个变量名的向量阵列和基因组沿。第一个是从arrayCGH\$arrayValues阵列绘制第二个（或第一个，如果只有一个名字）是从arrayCGH\$cloneValues沿绘制基因组。


参数：chrLim
an optional variable name from arrayCGH\$cloneValues giving the limits of each chromosome.
可选从arrayCGH \ $ cloneValues变量名称给每个染色体的限制。


参数：layout
if TRUE, plot layout is set to a 1*2 matrix with relative column widths 1 and 4.
如果TRUE，图布局设置为1 * 2矩阵与相对列宽1和4。


参数：main
title for the genomic profile.
基因组的配置文件的标题。


参数：zlim
numeric vector of length 2 to be passed to arrayPlot: minimum and maximum signal values for array image display.
长度为2的数字向量，通过arrayPlot：阵列图像显示的最低和最高信号值。


参数：...
further arguments to be passed to genome.plot.
进一步的参数被传递到genome.plot。


Details

详情----------Details----------

This function successively calls arrayPlot and genome.plot.
这个函数先后调用arrayPlot和genome.plot。


注意----------Note----------

People interested in tools for array-CGH analysis can
阵列比较基因组杂交分析工具有兴趣的人可以


作者（S）----------Author(s)----------


Pierre Neuvial, <a href="mailto:manor@curie.fr">manor@curie.fr</a>.



参见----------See Also----------

genome.plot, arrayPlot, html.report
genome.plot，arrayPlot，html.report


举例----------Examples----------


data(spatial)

### edge: local spatial bias[＃边缘：局部空间偏见]
## aggregate arrayCGH without normalization for comparison with[＃的总arrayCGH没有比较标准化]
## normalized array[＃归阵]
edge.nonorm <- norm(edge, flag.list=NULL, FUN=median, na.rm=TRUE)
edge.nonorm <- sort(edge.nonorm, position.var="PosOrder")

layout(matrix(c(1,2,4,5,3,3,6,6), 4,2),width=c(1, 4), height=c(6,1,6,1))
report.plot(edge.nonorm, chrLim="LimitChr", layout=FALSE,
main="Pangenomic representation (before normalization)", zlim=c(-1,1),
ylim=c(-3,1))  
report.plot(edge.norm, chrLim="LimitChr", layout=FALSE,
main="Pangenomic representation (after normalization)", zlim=c(-1,1),
ylim=c(-3,1))

### gradient: global array Trend[＃梯度：全局数组趋势]
## aggregate arrayCGH without normalization for comparison with[＃的总arrayCGH没有比较标准化]
## normalized array[＃归阵]
gradient.nonorm <- norm(gradient, flag.list=NULL, FUN=median, na.rm=TRUE)
gradient.nonorm <- sort(gradient.nonorm)

layout(matrix(c(1,2,4,5,3,3,6,6), 4,2),width=c(1, 4), height=c(6,1,6,1))
report.plot(gradient.nonorm, chrLim="LimitChr", layout=FALSE,
main="Pangenomic representation (before normalization)", zlim=c(-2,2),
ylim=c(-3,2))
report.plot(gradient.norm, chrLim="LimitChr", layout=FALSE,
main="Pangenomic representation (after normalization)", zlim=c(-2,2),
ylim=c(-3,2))

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