R语言 MANOR包 qscore.summary()函数中文帮助文档(中英文对照)

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qscore.summary(MANOR)
qscore.summary()所属R语言包：MANOR

                                        Compute quality scores for a given arrayCGH object
                                         计算某一arrayCGH对象的质量分数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Compute useful quality scores for the arrayCGH and display them in a convenient way
计算arrayCGH有用的质量分数，并显示在一个方便的方法


用法----------Usage----------


qscore.summary.arrayCGH(arrayCGH, qscore.list)



参数----------Arguments----------

参数：arrayCGH
an object of type arrayCGH
对象类型arrayCGH


参数：qscore.list
a list of objects of type qscore
一个类型qscore对象名单


Details

详情----------Details----------

This function is used by the function html.report for the generation of an HMTL report of the normalization step. It can also be used by itself.
此功能使用功能html.report一代标准化的步骤HMTL报告。它也可用于本身。


值----------Value----------

A data.frame with 3 columns:
一个3列的数据框：


参数：name
qscore name
qscore名称


参数：label
qscore label
qscore标签


参数：qscore
quality qscore
质量qscore


注意----------Note----------

People interested in tools for array-CGH analysis can
阵列比较基因组杂交分析工具有兴趣的人可以


作者（S）----------Author(s)----------


Pierre Neuvial, <a href="mailto:manor@curie.fr">manor@curie.fr</a>.



参见----------See Also----------

qscore, qscore.summary, html.report
qscore，qscore.summary，html.report


举例----------Examples----------


data(qscores)
data(spatial)

## define a list of qscores[＃定义qscores列表。]
qscore.list <- list(clone=clone.qscore, pct.clone=pct.clone.qscore,
pct.spot=pct.spot.qscore, pct.replicate=pct.replicate.qscore,
smoothness=smoothness.qscore, dyn.x=dyn.x.qscore, dyn.y=dyn.y.qscore,
var.replicate=var.replicate.qscore)

## compute quality scores for a couple of normalized arrays[＃计算质量分数为情侣归阵列]
gradient.norm$quality <- qscore.summary.arrayCGH(gradient.norm,
qscore.list)
print(gradient.norm$quality[, 2:3])

qscore.list$dyn.x$args$test <- 23
qscore.list$dyn.y$args$test <- 24
edge.norm$quality <- qscore.summary.arrayCGH(edge.norm, qscore.list)
print(edge.norm$quality[, 2:3])

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