R语言 MANOR包 import()函数中文帮助文档(中英文对照)

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import(MANOR)
import()所属R语言包：MANOR

                                        Import raw file to an arrayCGH object
                                         到arrayCGH对象导入原始文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Load raw data from a text file coming from image analysis and convert it to an arrayCGH object, using additional information about the array design.
装入原始数据，并从一个文本文件，图像分析，将其转换成一个arrayCGH对象，使用有关阵列设计的其他信息。

Supported file types are Genepix Results file (.gpr), outputs from SPOT, or any text file with appropriate fields "Row" and "Column" and specified array design
支持的文件类型Genepix结果文件（GPR），从SPOT输出，或任何适当的字段“行”和“列”文本文件，并指定阵列设计


用法----------Usage----------


  import(file, var.names=NULL, spot.names=NULL, clone.names=NULL, type=c("default", "gpr", "spot"), id.rep=1, design=NULL, add.lines=FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：file
a connection or character string giving the name of the file to import.
连接字符串要导入的文件的名称。


参数：var.names
a vector of variables names used to compute the array design. If default is not overwritten, it is set to c("Block", "Column", "Row", "X", "Y") for gpr files, c("Arr.colx", "Arr.rowy", "Spot.colx", "Spot.rowy") for SPOT files, and c("Col", "Row") for other text files  
变量名的向量用来计算阵列设计。如果默认情况下是不会被覆盖，它是设置到C GPR文件，C（“Arr.colx”（“块”，“列”，“行”，“X”的“Y”）， “Arr.rowy”，“Spot.colx”，的“Spot.rowy”）现货文件的，和C（“上校”，“行”），其他文本文件


参数：spot.names
a list with spot-level variable names to be added to arrayCGH$arrayValues
当场级变量名列表添加arrayCGH$arrayValues


参数：clone.names
a list with clone-level variable names to be added to arrayCGH$cloneValues (only used in case of within-slide replicates)  
克隆级变量名列表被添加到arrayCGH$cloneValues（只用于在幻灯片内的情况下复制）


参数：type
a character value specifying the type of input file: currently .gpr files ("gpr"), spot files ("spot") and other text files with fields 'Col' and 'Row' ("default") are supported
支持一个字符值，指定输入文件类型：。目前GPR文件（GPR），当场文件（“点”）和其他领域的“上校”和“行”的文本文件（“默认”）


参数：id.rep
index of the replicate identifier (e.g. the name of the clone) in the vector(clone.names)
指数复制的标识，在向量（例如克隆的名称）（clone.names）


参数：design
a numeric vector of length 4 specifying array design as number of blocks per column, number of blocks per row, number of columns by block, number of rows per block. This field is mandatory for "default" text files, optional for "gpr" files, and not used for "SPOT" files
数值向量的长度为每列的块数，每行的块数，逐块的列数，每块的行数指定阵列设计。此字段是强制性的“默认”的文本文件，可选“GPR”文件，并使用“定点”的文件，不要


参数：add.lines
boolean value to handle the case when array design does not match number of lines. If TRUE, empty lines are added; if FALSE, execution is stopped
布尔值来处理的情况下，阵列设计时的行数不匹配。如果是TRUE，添加空行，如果为FALSE，停止执行


参数：...
additional import parameters (e.g. 'sep=', or 'comment.char=', to be passed to read.delim function. Note that argument as.is=TRUE is always passed to read.delim, in order to avoid unapropriate conversion of character vectors to factors
额外的进口参数（例如sep=，或comment.char=，要传递到read.delim功能。需要注意的是参数as.is=TRUE总是传递到read.delim的，以避免unapropriate特征向量的转换因素


Details

详情----------Details----------

Mandatory elements of arrayCGH objects are the array design and the x and y absolute coordinates of each spot on the array. Output files from SPOT contain x and y relative coordinates of each spot within a block, as well as block coordinates on the array; one can therefore easily construct te corresponding arrayCGH object.
强制性要素arrayCGH对象的阵列设计和X和Y阵列上的每个点的绝对坐标。从SPOT输出文件中包含的每一个点的x和y块，以及阵列的块坐标内的相对坐标，因此，人们可以轻松地构建TE相应的arrayCGH对象。

.gpr files currently only contain x and y relative coordinates of each spot within a block, and block index with no specification of the  spatial block design: if block design is not specified by user, we compute it using the real pixel locations of each spot (X and Y variables in usual .gpr files)  
目前GPR文件只包含每个点的x和y块，块指数与没有空间块设计规范内的相对坐标：如果不是由用户指定的模块设计，我们计算它使用真正的像素位置的每个点（X和Y在平时的变量。GPR档案）

If clone.names is provided, an additional data frame is created with clone-level information (e.g. clone names, positions,  chromosomes, quality marks), aggregated from array-level information using the identifier specified by id.rep. This identifier is also added to the arrayCGH object created, with name 'id.rep'.
如果提供clone.names，克隆级别的信息（如克隆姓名，职务，染色体，质量标志）从阵列级使用由id.rep指定标识符的信息汇总，创建一个额外的数据框。这个标识符也被添加到的arrayCGH对象创建名称id.rep，。

Due to space limitations, only the first 100 lines of sample 'gpr' and 'spot' files are given in the standard distribution of MANOR. Complete files are available at http://bioinfo.curie.fr/projects/manor/index.html
由于空间的限制，只在第100行样本“GPR”和“点”文件MANOR标准分配。完整的文件是在http://bioinfo.curie.fr/projects/manor/index.html


值----------Value----------

an object of class arrayCGH
一个对象类arrayCGH


注意----------Note----------

People interested in tools for array-CGH analysis can
阵列比较基因组杂交分析工具有兴趣的人可以


作者（S）----------Author(s)----------


Pierre Neuvial, <a href="mailto:manor@curie.fr">manor@curie.fr</a>.



参见----------See Also----------

arrayCGH
arrayCGH


举例----------Examples----------


dir.in <- system.file("extdata", package="MANOR")

## import from 'spot' files[＃从“点”文件导入]
spot.names <- c("LogRatio", "RefFore", "RefBack", "DapiFore", "DapiBack", "SpotFlag", "ScaledLogRatio")
clone.names <- c("PosOrder", "Chromosome")
edge <- import(paste(dir.in, "/edge.txt", sep=""), type="spot",
spot.names=spot.names, clone.names=clone.names, add.lines=TRUE)

## import from 'gpr' files[＃导入“GPR”文件]
spot.names <- c("Clone", "FLAG", "TEST_B_MEAN", "REF_B_MEAN",
"TEST_F_MEAN", "REF_F_MEAN", "ChromosomeArm")  
clone.names <- c("Clone", "Chromosome", "Position", "Validation")
  
ac <- import(paste(dir.in, "/gradient.gpr", sep=""), type="gpr",
spot.names=spot.names, clone.names=clone.names, sep="\t",
comment.char="@", add.lines=TRUE)

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