R语言 MANOR包 html.report()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

html.report(MANOR)
html.report()所属R语言包：MANOR

                                        Generate an HTML report of array normalization
                                         产生阵列标准化的HTML报告

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Create an HTML file with various illustrations of array normalization, including plots before and after normalization, and statistics about flagged spots and clones
创建与各种插图数组标准化，包括标准化之前和之后的图，和标记点和克隆的统计信息的HTML文件


用法----------Usage----------


  ## S3 method for class 'arrayCGH'
html.report(array.norm, array.nonorm=NULL, dir.out=".",
array.name=NULL, x="PosOrder", y=c("LogRatioNorm", "LogRatio"), chrLim=NULL,
ylim=NULL, zlim=NULL, clim=NULL, intensity=NULL, light=FALSE,
file.name="report", width=10, height=5, ...)

  ## Default S3 method:
html.report(spot.data, clone.data=NULL,
  flag.data=NULL, quality.data=NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：array.norm
an object of type arrayCGH after normalization step
一个对象类型arrayCGH后标准化的步骤


参数：array.nonorm
an optional object of type arrayCGH after a normalization step with no flags
可选类型arrayCGH的对象后标准化的第一步，没有标志


参数：spot.data
a data.frame containing spot-level informations (e.g. arrayCGH\$arrayValues)
数据框包含现货信息（如arrayCGH\$arrayValues）


参数：clone.data
a data.frame containing clone-level informations (e.g. arrayCGH\$cloneValues)
克隆级数据框包含的信息（如arrayCGH\$cloneValues）


参数：flag.data
a data.frame containing information about flags, with fields char, label, arg, count as generated by function flag.summary
数据框，其中包含有关标志的信息领域，char，label，arg，count功能产生flag.summary


参数：quality.data
a data.frame containing information about quality scores with fields name, label, score as generated by function qscore.summary
含质量分数信息领域的数据框name，label，score功能qscore.summary生成


参数：dir.out
absolute path of a directory where the file is generated (defaults to the current directory)
到当前目录的绝对路径的文件生成一个目录（默认）


参数：array.name
name or identifier of the array
数组的名称或标识符


参数：x
a variable name from arrayCGH\$cloneValues giving the order position of the clones along the genome (defaults to 'PosOrder')
变量从arrayCGH\$cloneValues沿基因的克隆顺序中的位置（默认为“PosOrder”）的名称


参数：y
a vector of one or two variable names to be passed to report.plot
一个或两个变量名的向量被传递report.plot的


参数：chrLim
an optional variable name from arrayCGH\$cloneValues giving the limits of each chromosome
一个可选的变量名称从arrayCGH\$cloneValues让每个染色体的限制


参数：ylim
a numeric vector of length 2 to be passed to report.plot: y axis range of the genomic profile display
一个长度为2的数字向量传递给report.plot：Y轴的基因组的文件显示范围


参数：clim
a numeric vector of length 2 to be passed to report.plot: color range of the genomic profile
一个长度为2的数字矢量传递给report.plot：基因组的配置文件的颜色范围


参数：zlim
a numeric vector of length 2 to be passed to report.plot: color range for array image display
一个长度为2的数字矢量阵列图像显示要传递给report.plot：色彩范围


参数：intensity
an optional list with names c("M.var", "A.var", "pred.var", "span"). The first 3 items specify existing variable names from arrayCGH\$arrayValues that will be used to draw a MA-plot. The last item is the value of the loess 'span'
名称C（“M.var”，“A.var”，“pred.var”，“跨”）的可选列表。第3项指定现有的变量名arrayCGH\$arrayValues将用于绘制马的图。最后一个项目是黄土的跨度的价值


参数：light
boolean value: if (light), only the core of the html file is generated; if (!light), a complete html file is generated
布尔值：（轻）（轻），产生唯一的HTML文件的核心是，如果一个完整的HTML文件生成


参数：file.name
file name of the generated report (defaults to "report")
生成的报告文件名（默认为“报告”）


参数：width
plot width, in inches
图宽度，以英寸为单位


参数：height
plot height, in inches
图的高度，英寸


参数：...
further arguments to be passed to report.plot
被传递report.plot的进一步参数


Details

详情----------Details----------

This function creates an HTML report file showing - the array image and the genome representation before normalization (if array.nonorm is provided) and after normalization, and optionally a MA-plot - a table with information about the number of flagged spots for each flag, and the number of remaining spots after normalization - a table with information about various quality criteria for the array
这个函数创建一个HTML报告文件显示 - 阵列图像和前基因组标准化表示（array.nonorm如果提供）和标准化后，和一个可选的马的图 - 标记点的数量信息表各旗，标准化后的剩余点 - 一个关于各种质量标准的信息的数组表


值----------Value----------

none
没有


注意----------Note----------

People interested in tools for array-CGH analysis can
阵列比较基因组杂交分析工具有兴趣的人可以


作者（S）----------Author(s)----------


Pierre Neuvial, <a href="mailto:manor@curie.fr">manor@curie.fr</a>.



参见----------See Also----------

flag.summary, report.plot
flag.summary，report.plot

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。