R语言 MANOR包 flags()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

flags(MANOR)
flags()所属R语言包：MANOR

                                        Examples of flag objects to apply to CGH arrays
                                         标志对象的例子，适用于CGH芯片

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This data set provides flag objects that can be applied to arrayCGH objects in order to normalize them.
该数据集提供了flag可应用于arrayCGH对象，以标准化的对象。


用法----------Usage----------


data(flags)



格式----------Format----------

These flag objects typically take part to a normalization process:
这些flag的对象通常参加一个标准化的过程：

amplicon.flag
amplicon.flag

chromosome.flag
chromosome.flag

control.flag
control.flag

global.spatial.flag
global.spatial.flag

local.spatial.flag
local.spatial.flag

num.chromosome.flag
num.chromosome.flag

position.flag
position.flag

replicate.flag
replicate.flag

ref.snr.flag
ref.snr.flag

dapi.snr.flag
dapi.snr.flag

SNR.flag
SNR.flag

spot.corr.flag
spot.corr.flag

spot.flag
spot.flag

unique.flag
unique.flag

val.mark.flag
val.mark.flag

intensity.flag
intensity.flag


注意----------Note----------

People interested in tools for array-CGH analysis can
阵列比较基因组杂交分析工具有兴趣的人可以


作者（S）----------Author(s)----------


Pierre Neuvial, <a href="mailto:manor@curie.fr">manor@curie.fr</a>.



源----------Source----------

Institut Curie, manor@curie.fr.
居里研究所，manor@curie.fr。


参见----------See Also----------

spatial, norm.arrayCGH,
spatial，norm.arrayCGH


举例----------Examples----------


data(flags)

### complete normalization of an arrayCGH object (with spatial gradient):[＃完全标准化一个arrayCGH对象（空间梯度）：]
## Initialize flag$args[＃初始化标志$ ARGS]

flag.list1 <- list(local.spatial=local.spatial.flag,
  global.spatial=global.spatial.flag, spot=spot.flag, SNR=SNR.flag,
  val.mark=val.mark.flag, unique=unique.flag,
  amplicon=amplicon.flag, chromosome=chromosome.flag,
  replicate=replicate.flag)

data(spatial)
## Not run: gradient.norm &lt;- norm(gradient, flag.list=flag.list1,[＃无法运行：gradient.norm < - 规范（flag.list = flag.list1梯度，]
var="LogRatio", FUN=median, na.rm=TRUE)
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
print(gradient.norm$flags) ## spot-level flag summary (computed by flag.summary)[＃现货级标志摘要（flag.summary计算）]

### complete normalization of an arrayCGH object (with local spatial bias):[＃完全标准化一个arrayCGH对象（局部空间偏见）：]
## Initialize flag$args[＃初始化标志$ ARGS]

flag.list2 <- list(spatial=local.spatial.flag, spot=spot.corr.flag,
ref.snr=ref.snr.flag, dapi.snr=dapi.snr.flag, rep=rep.flag,
unique=unique.flag)
flag.list2$spatial$args <- alist(var="ScaledLogRatio", by.var=NULL,
nk=5, prop=0.25, thr=0.15, beta=1, family="symmetric")
flag.list2$spot$args <- alist(var="SpotFlag")
flag.list2$spot$char <- "O"
flag.list2$spot$label <- "Image analysis"

## Not run: edge.norm &lt;- norm(edge, flag.list=flag.list2,[＃不能运行：edge.norm < - 规范（flag.list = flag.list2边缘，]
var="LogRatio", FUN=median, na.rm=TRUE)
## End(Not run) [＃结束（不运行）]
print(edge.norm$flags) ## spot-level flag summary (computed by flag.summary)[＃现货级标志摘要（flag.summary计算）]

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