R语言 MANOR包 detectSB()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

detectSB(MANOR)
detectSB()所属R语言包：MANOR

                                        Spatial bias detection
                                         空间偏见检测的

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function detects spatial bias on array CGH.
此功能检测的array CGH的空间偏见。


用法----------Usage----------


## S3 method for class 'arrayCGH'
detectSB(arrayCGH, variable, proportionup=0.25,
proportiondown,type="up", thresholdup=0.2, thresholddown=0.2, ... )



参数----------Arguments----------

参数：arrayCGH
Object of arrayCGH.
对象arrayCGH。


参数：variable
Variable used to compare the mean of zones detected by nem
变量用来比较平均nem检测区


参数：proportionup
Maximal proportion of the array which may be affected by spatial bias with high values.
高价值的空间偏见可能影响阵列的最大比例。


参数：proportiondown
Maximal proportion of the array which may be affected by spatial bias with low values.
这可能是由低价值的空间偏见的影响阵列的最大比例。


参数：type
Type of spatial bias detected. Specify either "up" (to detect spatial bias with high values), or "down" (to detect spatial bias with low values) or "upanddown" (to detect both type of spatial bias).
空间偏置型检测。指定或者“向上”（检测与高值空间偏见），或“下降”（检测值低的空间偏见）或“upanddown”（检测两种类型的空间偏见）。


参数：thresholdup
Threshold used to detect spatial bias with high values.
限值，用来检测高值空间的偏见。


参数：thresholddown
Threshold used to detect spatial bias with low values.
限值，用来检测低价值的空间偏见。


参数：...
...
...


Details

详情----------Details----------

You must run the arrayTrend and nem function before detecting spatial bias: the arrayTrend computes a spatial trend and the nem function performs a classification with spatial constraints defining different zones on
您必须运行arrayTrend和nem函数前检测空间偏见：arrayTrend计算空间的趋势，nem函数执行与空间的限制，确定不同区域的分类


值----------Value----------

An object of class arrayCGH with the following added information in the data.frame attribute arrayValues:
一个类的对象arrayCGH下面添加在数据框属性信息arrayValues：


参数：SB
Spots located in zone of spatial bias are coded either by 1 (if they correspond to a spatial bias with high values) or by -1 (if they correspond to a spatial bias with low values). Otherwise they are coded by 0.   
位于区域空间偏置点编码1（如果它们对应一个高值的空间偏置）或-1（如果它们对应一个低价值的空间偏置）。否则，他们被编码为0。


注意----------Note----------

People interested in tools for array-CGH analysis can
阵列比较基因组杂交分析工具有兴趣的人可以


作者（S）----------Author(s)----------


Philippe Hup