R语言 makecdfenv包 Cdf-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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Cdf-class(makecdfenv)
Cdf-class()所属R语言包：makecdfenv

                                        Class Cdf
                                         类CDF

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A class describing the content a Chip Description File.
A级片的描述文件描述的内容。


Details

详情----------Details----------

The class Cdf was designed to store the content of Affymetrix's Chip Definition Files (CDF). This early class is no longer widely used in the package affy. Environments (called cdfenvs) are preferred to have an efficient mapping between probe set identifiers and indexes (needed to access/subset particular probe intensities). Unless one needs to access every information contained in a CDF file, the cdfenvs will be preferred.
类Cdf被设计用来存储Affymetrix公司的芯片定义文件（民防）的内容。这种早期类不再是广泛用于包affy。环境（称为cdfenvs）优先探针集标识符和索引（需要访问/子集，特别是探针强度）之间有一个有效的映射。除非需要访问一个CDF文件中包含的每一个信息，cdfenvs将被优先考虑。

The following comments are only relevant to someone with interest in what is in a CDF file. The name associated to each probe is not unique, it corresponds to the gene name. It is very common to have a name repeated 40 times (20 perfect matches and 20 mismatches). Probes can be grouped by pairs: a perfect match (PM) probe has its mismatch (MM) counterpart. The two probes in a pair differ by one base (usually located in the middle of the sequence). The information relative to this particular base are stored in pbase and tbase. At a given position (x,y), having pbase[x,y] == tbase[x,y] means having a MM while having pbase[x,y] != tbase[x,y] means having a perfect mismatch if and only if one of the bases is A while the other is TRUE, or one is G and the other is C. The function  pmormm returns TRUE for PMs and FALSE for MMs.
以下评论仅在CDF文件是在什么兴趣的人有关。每个探针关联的名称不是唯一的，它对应的基因名称。这是很常见的，有一个名字重复40次（20个完美的比赛，20个不匹配）。探针可以通过对分组：一个完美的比赛（下午）探针的错配（MM）的对口。两个探针在对不同的一个碱基（通常在序列中的位置）。这个特殊的碱基相对的信息存储在pbase和tbase。在一个给定的位置（X，Y），有PBASE [X，Y] == TBASE [X，Y]表示一个MM，而不必PBASE [X，Y] = TBASE [X，Y]是指有一个完美的不匹配当且仅当碱基之一，是A，而另一种是真，一个是G和其他功能pmormm返回TRUE PMS和FALSE为MMS。

To know more about the file structure of a CDF file, one has to refer to the parsing code (mostly in C).
要知道一个CDF文件的文件结构，指的解析代码（主要是在C）。


创建对象----------Creating Objects----------

  new('Cdf',<br>     cdfName      = ...., # Object of class character<br>     name = ...., # Object of class matrix<br>     name.levels  = ...., # Object of class character<br>     pbase        = ...., # Object of class matrix<br>     pbase.levels = ...., # Object of class character<br>     tbase        = ...., # Object of class matrix<br>     tbase.levels = ...., # Object of class character<br>     atom = ...., # Object of class matrix<br>
  new('Cdf',参考    cdfName      = ...., # Object of class character参考    name = ...., # Object of class matrix参考    name.levels  = ...., # Object of class character参考    pbase        = ...., # Object of class matrix参考    pbase.levels = ...., # Object of class character参考    tbase        = ...., # Object of class matrix参考    tbase.levels = ...., # Object of class character参考    atom = ...., # Object of class matrix参考


插槽----------Slots----------




cdfName: the CDF name tag. Used to link with the right
cdfName：CDF名称标签。用来连接与右




name: Object of class "matrix" of 'factors' for the gene names corresponding to the probes.
name：类“矩阵”的“因素”探针对应的基因名称的对象。




name.levels: Object of class "character" containing
name.levels：“字”类的对象，其中包含




pbase: Object of class "matrix" of pbase levels.
pbase：PBASE各级类“矩阵”的对象。




pbase.levels: Object of class "character"  containing
pbase.levels：“字”类的对象，其中包含




tbase: Object of class "matrix" of tbase levels.
tbase：TBASE各级类“矩阵”的对象。




tbase.levels: Object of class "character" containing
tbase.levels：“字”类的对象，其中包含




atom: Object of class "matrix" of atom or probe numbers.
atom：对象类“矩阵”的原子或探针数字。


方法----------Methods----------




atom (Cdf): An accesor function for the
原子（CDF）：为accesor功能




atom<- (Cdf):  A replacement function for
原子< - （CDF）：替换功能




name.levels (Cdf):  An accesor function for the
name.levels（CDF）：为accesor功能




name.levels<- (Cdf): A replacement function for
name.levels < - （CDF）：替换功能




pbase (Cdf):  An accesor function for the
PBASE（CDF）：为accesor功能




pbase<- (Cdf): A replacement function for
PBASE < - （CDF）：替换功能




pbase.levels (Cdf):  An accesor function for the
pbase.levels（CDF）：为accesor功能




pbase.levels<- (Cdf): A replacement function for
pbase.levels < - （CDF）：替换功能




show (Cdf):  renders information about the Cdf
表演（CDF）：呈现约Cdf信息




tbase (Cdf):  An accesor function for the
TBASE（CDF）：为accesor功能




tbase<- (Cdf): A replacement function for
TBASE < - （CDF）：替换功能




tbase.levels (Cdf):  An accesor function for the
tbase.levels（CDF）：为accesor功能




tbase.levels<- (Cdf): A replacement function for
tbase.levels < - （CDF）：替换功能


作者（S）----------Author(s)----------


L. Gautier &lt;laurent@cbs.dtu.dk&gt;



参见----------See Also----------

read.cdffile, make.cdf.env, make.cdf.package
read.cdffile，make.cdf.env，make.cdf.package

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