R语言 maigesPack包 summarizeReplicates()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

summarizeReplicates(maigesPack)
summarizeReplicates()所属R语言包：maigesPack

                                         Summarise microarray objects
                                         附录Summarise芯片对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to summarise measures of a maiges class object, both by samples and genes.
总结maiges类对象的措施，样本和基因的功能。


用法----------Usage----------


summarizeReplicates(object=NULL, gLabelID="GeneName", sLabelID="Sample",
                    funcS="mean", funcG="mean", rmBad=TRUE, keepEmpty=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：object
object of class maiges.
对象类maiges。


参数：gLabelID
character string giving the gene label ID to be used to summarise the data by rows.
基因标签ID字符串被用来总结行的数据。


参数：sLabelID
character string giving the sample label ID to be used to summarise the data by columns.
样品标签标识字符串被用来总结列的数据。


参数：funcS
character string specifying the function to be applied for sample replicates. Defaults to 'mean'. If NULL, no resume is done for samples.
复制字符串指定的功能，可应用于样品。默认为的意思。如果为NULL，没有简历做样品。


参数：funcG
character string specifying the function to be applied for genes (spots) replicates. Defaults to 'mean'. If NULL, no resume is done for genes..
字符串指定的功能，应用基因（点）的复制。默认为的意思。如果为NULL，没有简历做的基因......


参数：rmBad
logical indicating if you want to remove or not bad spots, given by the slot BadSpots in argument object.
逻辑表明，如果你要删除或不烂斑，插槽BadSpots参数object。


参数：keepEmpty
logical indicating if you want to maintain spots with empty information.
逻辑表明，如果你想保持点空信息。


Details

详情----------Details----------

This function takes the object of class maiges and resume the data by spots (rows) and samples (columns).
这个函数的类的对象maiges和恢复点（行）和样品（列）的数据。


值----------Value----------

This function returns another object of class maiges with replicates summarised to only one observation.
这个函数返回maiges类的另一个对象复制只有一个观察总结。


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves &lt;<a href="mailto:gesteves@vision.ime.usp.br">gesteves@vision.ime.usp.br</a>&gt;




举例----------Examples----------


## Loading the dataset[＃载入数据集]
data(gastro)

## Summarising the data (maigesNorm class), replicated samples will be[＃总结数据（maigesNorm类），将复制样本]
## summarised by mean and genes by median[＃总结均值和中位数的基因]
gastro.summ = summarizeReplicates(gastro.norm, gLabelID="GeneName",
  sLabelID="Sample", funcS="mean", funcG="median",
  keepEmpty=FALSE, rmBad=FALSE)

## To summarise genes by mean and keep the blank spots use[＃总结意味着基因，并保持使用的空白点]
gastro.summ = summarizeReplicates(gastro.norm, gLabelID="GeneName",
  sLabelID="Sample", funcS="mean", funcG="mean",
  keepEmpty=TRUE, rmBad=FALSE)

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