R语言 maigesPack包 somMde()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

somMde(maigesPack)
somMde()所属R语言包：maigesPack

                                         Function to do SOM cluster analysis
                                         函数来完成SOM聚类分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is a function to do SOM (Self Organising Maps) clustering analysis for objects of classes maigesDEcluster.
这是一个类的对象maigesDEcluster做高官（自筹备图）聚类分析的功能。


用法----------Usage----------


somMde(data, group=c("C", "R")[1], distance="correlation",
       method="complete", sampleT=NULL, doHier=FALSE, sLabelID="SAMPLE",
       gLabelID="GeneName", idxTest=1, adjP="none", nDEgenes=0.05, ...)




参数----------Arguments----------

参数：data
object of class maigesDEcluster.
对象类maigesDEcluster。


参数：group
character string giving the type of grouping: by rows 'R' or columns 'C' (default).
字符串类型分组：行“R”或列“C”（默认）。


参数：distance
char string giving the type of distance to use. Only two options are available here: 'euclidean' and 'correlation' (default).
char字符串距离使用。只有两个选择，可在这里：“欧几里德和相关（默认）。


参数：method
char string specifying the linkage method for the hierarchical cluster. Possible values are 'ward', 'single', 'complete' (default), 'average', 'mcquitty', 'median' or 'centroid'
char字符串指定联动层次聚类方法。可能的值是病房，单，完成（默认），平均，mcquitty“，”中位数“或”重心“


参数：sampleT
list with 2 vectors. The first one specify the first letter of different sample types to be coloured by distinct colours, that are given in the second vector. If NULL (default) no colour is used.
列出2向量。第一个指定的第一个字母不同类型的样品，是由不同的颜色，在第二个向量的彩色。如果为NULL（默认）没有颜色。


参数：doHier
logical indicating if you want to do the hierarchical branch in the opposite dimension of clustering. Defaults to FALSE.
逻辑表明，如果你想要做的另一维度的聚类分层分支。默认为false。


参数：sLabelID
character string specifying the sample label ID to be used to label the samples.
字符串指定样品的标签标识被用来标记的样品。


参数：gLabelID
character string specifying the gene label ID to be used to label the genes.
字符串指定的基因标签的ID被用来标记基因。


参数：idxTest
numerical index of the test to be used to sort the genes when clustering objects of class maigesDEcluster.
数值指标的基因排序聚类类maigesDEcluster的对象时，要使用的测试。


参数：adjP
string specifying the method of p-value adjustment. May be 'none', 'Bonferroni', 'Holm', 'Hochberg', 'SidakSS', 'SidakSD', 'BH', 'BY'.
字符串，指定P-值调整的方法。可能是无，邦弗朗尼“，”霍尔姆“，”Hochberg“的”SidakSS，SidakSD“，”波黑“，”。


参数：nDEgenes
number of DE genes to be selected. If a real number in (0,1) all genes with p.value <= nDEgenes will be used. If an integer, the nDEgenes genes with smaller p-values will be used.
DE的基因数目要选择。如果一个实数（0,1）中所有的基因与p.value <=nDEgenes将被使用。如果一个整数，nDEgenes小p值的基因将被使用。


参数：...
additional parameters for som function.
som函数的附加参数。


Details

详情----------Details----------

This function implements the SOM clustering method for objects resulted from differential expression analysis. The method uses the function som from package som. For the adjustment of p-values in the selection of genes differentially expressed, we use the function mt.rawp2adjp from package multtest.
此功能实现了SOM聚类方法导致的差异表达分析的对象。该方法使用功能som索姆包。为p-值调整中的差异表达基因的选择，我们使用功能mt.rawp2adjp包multtest。


值----------Value----------

This function display the heatmaps and return invisibly an object of class som resulted from the function som.
此功能显示热图和无形返回一个类的对象som导致功能som。


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves &lt;<a href="mailto:gesteves@vision.ime.usp.br">gesteves@vision.ime.usp.br</a>&gt;




参见----------See Also----------

som from package som. kmeansM and hierM for displaying k-means and hierarchical clusters, respectively.
som包索姆的。 kmeansM和hierM显示的k-means和层次聚类，分别为。


举例----------Examples----------


## Loading the dataset[＃载入数据集]
data(gastro)

## Doing bootstrap from t statistic test fot 'Type' sample label, k=1000[t统计检验FOT“类型的样品标签，K = 1000＃做引导]
## specifies one thousand bootstraps[＃指定一万白手起家]
gastro.ttest = deGenes2by2Ttest(gastro.summ, sLabelID="Type")

## SOM cluster with 2 groups adjusting p-values by FDR, and showing all genes[＃SOM的聚类2组进行调整，由FDRp-值，并显示所有基因]
## with p-value &lt; 0.05[＃p值<0.05]
somMde(gastro.ttest, sLabelID="Type", adjP="BH", nDEgenes=0.05,
       xdim=2, ydim=1, topol="rect")

## SOM cluster with 4 groups adjusting p-values by FDR, and showing all genes[＃SOM的聚类与4组进行调整，由FDRp-值，并显示所有基因]
## with p-value &lt; 0.05[＃p值<0.05]
somMde(gastro.ttest, sLabelID="Type", adjP="BH", nDEgenes=0.05,
       xdim=2, ydim=2, topol="rect")

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。