R语言 maigesPack包 selSpots()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

selSpots(maigesPack)
selSpots()所属R语言包：maigesPack

                                         Select spots to use in normalisation
                                         选择景点使用标准化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to select spots to be used in microarray normalisation.
功能选择点在芯片标准化。


用法----------Usage----------


selSpots(obj=NULL, sigNoise=1, rmFlag=NULL, gLabelsID=c("Name"),
         remove=list(c("BLANK","DAP","LYS","PHE","Q_GENE","THR","TRP")),
         badSpots=NULL, badLabel=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：obj
object of class maigesRaw.
对象类maigesRaw。


参数：sigNoise
positive real number indicating the cutoff to remove spots with signal-to-noise ratio below it.
正实数，表示截止到去除信号噪声比它下面的点。


参数：rmFlag
vector of flag symbols to be removed (for normalisation). These flags are stored in the slot Flags from maigesRaw class.
要删除标志符号的向量（标准化）。这些标志在插槽存储FlagsmaigesRaw类。“


参数：gLabelsID
character vector indicating the gene labels to be searched to exclude that ones specified in remove argument.
特征向量表明该基因被搜查排除remove参数指定的标签。


参数：remove
list of same length as GlabelsID containing character vector indicating the symbols of spots to be removed, according to the GlabelsID argument.
相同长度的列表GlabelsID包含字符向量表示点的符号被删除，根据GlabelsID论点。


参数：badSpots
index of bad spots (numeric or logical) identifying bad spots. May be the gene labels, with label ID specified by the argument badLabel.
指数确定坏点坏点（数字或逻辑）。可能是基因标签，标签的ID由参数badLabel指定。


参数：badLabel
character string specifying the gene label ID for remove badSpots.
字符串指定的基因标签的ID删除badSpots。


Details

详情----------Details----------

This function takes the object of class maigesRaw and actualise the slot UseSpots according with the arguments passed to the function. This slot is read by the normalisation functions normLoc, normOLIN, normRepLoess, normScaleLimma and normScaleMarray to use only the spots that passed the criteria specified here.
这个函数的类的对象maigesRaw“与实施插槽UseSpots根据传递给函数的参数。此插槽的标准化功能读normLoc，normOLIN，normRepLoess，normScaleLimma和normScaleMarray只用点，通过这里指定的标准。


值----------Value----------

This function returns another object of class maigesRaw with the UseSpots slot actualised.
这个函数返回maigesRaw与UseSpots插槽actualised另一个类的对象。


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves &lt;<a href="mailto:gesteves@vision.ime.usp.br">gesteves@vision.ime.usp.br</a>&gt;




举例----------Examples----------


## Loading the dataset[＃载入数据集]
data(gastro)

## Filtering all spots with signal2noise ratio (Sf/Sb or Rf/Rb) greater[＃过滤signal2noise比例（SF / SB或RF / Rb值）的所有景点]
## or equal to 1 and that have 'Name' label as 'BLANK', 'DAP', ..., 'TRP'.[＃或等于1，并且有“名称”的标签为“空白”，“磷酸二铵”，......，“激进党”。]
gastro.raw2 = selSpots(gastro.raw, sigNoise=1, rmFlag=NULL, gLabelsID="Name",
  remove=list(c("BLANK","DAP","LYS","PHE","Q_GENE","THR","TRP")))

## To see the number of spots that suvived the filtering above do[＃要看到点上面做的过滤suvived]
apply(gastro.raw2@UseSpots, 2, sum)

## To do the same filtering as above, also filtering flags marcke as 1[＃做上述相同的滤波，也筛选标志为1 marcke]
## and 4 do[＃4做]
gastro.raw2 = selSpots(gastro.raw, sigNoise=1, rmFlag=c(1,4), gLabelsID="Name",
  remove=list(c("BLANK","DAP","LYS","PHE","Q_GENE","THR","TRP")))

apply(gastro.raw2@UseSpots, 2, sum)

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