R语言 maigesPack包 relNet2TGF()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

relNet2TGF(maigesPack)
relNet2TGF()所属R语言包：maigesPack

                                         Transform Relevance Network analysis in TGF output
                                         在TGF输出变换的关联网络分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function receive an object of class maigesRelNetB or maigesRelNetM and write TGF files with the relevance networks produced.
这个函数接收一个类的对象maigesRelNetB或maigesRelNetM“写与转化生长因子产生的相关网络文件。


用法----------Usage----------



relNet2TGF(...)

## S3 method for class 'maigesRelNetB'
relNet2TGF(data, dir = "./",
  filename="group.tgf", corC=NULL, pValue=0.05, ...)

## S3 method for class 'maigesRelNetM'
relNet2TGF(data, dir = "./",
  filenames=c("group1.tgf", "group2.tgf", "difPvalue.tgf"),
  pValue=0.05, ...)




参数----------Arguments----------

参数：data
object of class maigesRelNetB or maigesRelNetM.
对象的类maigesRelNetB或maigesRelNetM。


参数：dir
character string specifying the folder to save the TGF files.
字符串指定的文件夹中保存的TGF文件。


参数：filename
character string specifying the file name, for objects of class maigesRelNetB.
字符串指定的文件名，对象类maigesRelNetB。


参数：filenames
character vector of length 3 with the file names to be saved, for objects of class maigesRelNetM.
字符与文件名的长度为3的向量被保存，对象类maigesRelNetM。


参数：corC
numeric in [0,1] specifying the cutoff for selecting absolute correlation. May also be 'max' to select the maximum correlation values in a permutation bootstrap strategy, as proposed by Butte et al. (2000).
在[0,1]数字指定截止选择绝对的关系。也可能是“最大”置换引导策略，如小山等人提出，在选择最大的相关值。 （2000年）。


参数：pValue
numeric in [0,1] specifying the cutoff for selecting correlation values by p-values.
在[0,1]数字指定选择相关值，p值截止。


参数：...
additional parameters.
额外的参数。


Details

详情----------Details----------

This function only picks the result of the relNetworkB or relNetworkM and display write TGF files. This files are interesting to be used with Yed graph visualisation and editing tool, wrote in Java (http://www.yworks.com/en/products_yed_about.htm).
此功能只挑选结果relNetworkB或relNetworkM“显示写转化生长因子的文件。这个文件是有趣YED图形可视化和编辑工具，用于写爪哇（http://www.yworks.com/en/products_yed_about.htm）。


值----------Value----------

This function don't return any object.
这个函数不返回任何对象。


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves &lt;<a href="mailto:gesteves@vision.ime.usp.br">gesteves@vision.ime.usp.br</a>&gt;




参考文献----------References----------

I.S. Discovering functional relationships between RNA expression and chemotherapeutic susceptibility using relevance networks, PNAS, 97, 12182-12186, 2000 (http://www.pnas.org/cgi/content/full/97/22/12182)

参见----------See Also----------

relNetworkB, relNetworkM, maigesRelNetB, maigesRelNetM.
relNetworkB，relNetworkM，maigesRelNetB，maigesRelNetM。


举例----------Examples----------


## Loading the dataset[＃载入数据集]
data(gastro)

## Constructing the relevance network for sample[＃样品的相关网络建设]
## 'Tissue' comparing 'Neso' and 'Aeso' for the 1st gene group[＃组织“NESO”和“Aeso”的第一个基因组比较]
## The same is also true for objects of class maigesRelNetB[＃同样也是真正类maigesRelNetB的对象]
gastro.net = relNetworkM(gastro.summ, sLabelID="Tissue",
  samples = list(Neso="Neso", Aeso="Aeso"), geneGrp=11,
  type="Rpearson")

relNet2TGF(gastro.net)

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