R语言 maigesPack包 normScaleLimma()函数中文帮助文档(中英文对照)

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normScaleLimma(maigesPack)
normScaleLimma()所属R语言包：maigesPack

                                         Scale adjust a cDNA Microarray Object
                                         规模调整的cDNA微阵列对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function loads a maigesRaw or maiges object and scale adjust (normalise between arrays) the data using functions from limma package.
这个函数加载maigesRaw或maiges对象和规模的调整（标准化阵列之间）的数据从limma包使用功能。


用法----------Usage----------


normScaleLimma(obj=NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：obj
object of type maigesRaw or maiges to be  normalised.
对象类型maigesRaw或maiges标准化。


参数：...
additional parameters for function normalizeBetweenArrays.
功能normalizeBetweenArrays额外的参数。


Details

详情----------Details----------

This function for scale adjustment is entirely based on function normalizeBetweenArrays from limma package. See the help page for this function to see how to set the parameters. Pay attention to the 'vsn' method of scale adjustment, that must be used alone.
这种规模调整的功能，完全是基于功能normalizeBetweenArrays的limma从包。这个功能来看看如何设置参数，请参阅帮助页面。注意“VSN规模调整的方法，必须单独使用。


值----------Value----------

This function returns a maiges object.
此函数返回一个maiges对象。


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves &lt;<a href="mailto:gesteves@vision.ime.usp.br">gesteves@vision.ime.usp.br</a>&gt;




参见----------See Also----------

normalizeBetweenArrays from limma package.
normalizeBetweenArrays的limma包。


举例----------Examples----------


## Loading the dataset[＃载入数据集]
data(gastro)

## Doing the scale adjustment from median-absolute-value method (from[＃做大规模调整中位数绝对值方法（从]
## limma)[＃limma）]
gastro.norm = normScaleLimma(gastro.norm, method="scale")
boxplot(gastro.norm) ## To see the efect of adjustment[＃要看到调整的效应]

## To do VSN scale adjustment (from vsn package) use the command. Be[＃做的VSN规模调整（VSN包）使用的命令。是]
## carefull that this method adjust the variance along A values and not[这种方法调整沿着值的方差，而不是＃carefull]
## between chips!![＃之间的芯片！]
gastro.norm = normScaleLimma(gastro.raw2, method="vsn")
boxplot(gastro.norm) ## See the effect[＃见效果]

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