R语言 maigesPack包 normRepLoess()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

normRepLoess(maigesPack)
normRepLoess()所属R语言包：maigesPack

                                         Bootstrap of LOWESS normalisation
                                         引导标准化的LOWESS

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function normalises a microarray object re-doing the LOWESS fitting several times, selecting a pre-specified proportion of points aleatorily.
在这的功能normalises一个芯片的对象，重新做LOWESS拟合几次，选择的比例预先指定的点aleatorily。


用法----------Usage----------


normRepLoess(raw, span=0.4, propLoess=0.5, nRep=50, func="none",
             bkgSub="none", ...)



参数----------Arguments----------

参数：raw
an object of class maigesRaw to be normalised.
maigesRaw类的对象被归。


参数：span
real number in (0,1) representing the proportion of points to use in the loess regression.
代表点的比例，在局部加权回归使用实数（0,1）。


参数：propLoess
real number in (0,1) representing the proportion of points (spots) to be used in each iteration of loess.
点（点）要在每个迭代黄土比例代表实数（0,1）。


参数：nRep
number of repetitions for loess procedure.
黄土过程的重复数。


参数：func
character string giving the function to estimate the final W value. You must use 'mean', 'median' or 'none' (default).
字符串功能，估计最后的W值。您必须使用“的意思”，“中位数”或“无”（默认）。


参数：bkgSub
character with background subtraction method, using the function backgroundcorrect from limma package.
人物与背景减除方法，使用功能backgroundcorrect的limma从包。


参数：...
additional parameters for function loessFit from limma package.
功能loessFitlimma包的额外的参数。


Details

详情----------Details----------

The LOWESS fitting for normalising microarray data is a computational intensive task, so pay attention to not specify a very large argument in nRep. If you do so, your process will take so much time to conclude.
正火的微阵列数据的的LOWESS装修是一项计算密集型任务，所以要注意不要指定在nRep一个非常大的说法。如果你这样做，你的过程将需要这么多时间结束。


值----------Value----------

The result of this function is an object of class maiges.
这个函数的结果是一个对象类maiges。


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves &lt;<a href="mailto:gesteves@vision.ime.usp.br">gesteves@vision.ime.usp.br</a>&gt;




参见----------See Also----------

loessFit.
loessFit。


举例----------Examples----------


## Loading the dataset[＃载入数据集]
data(gastro)

## Doing the repetition loess with default parameters. Be carefull, this[＃做重复使用默认参数的黄土。要小心，这]
## is very time consuming[＃是非常耗时]
## Not run: [＃无法运行：]
gastro.norm = normRepLoess(gastro.raw2)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

## Do the same normalization selecting 60% dos spots with 10[＃不要选择相同的标准化60％与10 DOS斑点]
## repetitions and estimating the W by the mean value.[＃重复和估计的W平均值。]
## Not run: [＃无法运行：]
gastro.norm = normRepLoess(gastro.raw2, propLoess=0.6, nRep=10, func="mean")

## End(Not run)[＃结束（不运行）]


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。