R语言 maigesPack包 maiges-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

maiges-class(maigesPack)
maiges-class()所属R语言包：maigesPack

                                         maiges class, store normalised microarray datasets
                                         maiges类，店归芯片集

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This class describes objects to handle ratio of intensities (W) and average of intensities (A) values values and information about genes and samples used in the data. Objects of this class are created from class maigesRaw using the functions normLoc, normOLIN, normRepLoess, normScaleLimma and/or normScaleMarray to do the normalisation.
这个类描述对象来处理比强度（W）和平均强度（A）值值和有关的基因，并在数据样本的信息。这个类的对象是从类创建maigesRaw使用功能normLoc，normOLIN，normRepLoess，normScaleLimma和/或normScaleMarray做标准化。

Here, the M=log(R/G) value of intensity ratio was redefined as W=log(Test/Ref), where Test and Ref are the test and reference samples.
在这里，在M =log（的R / G）的强度比的价值被重新定义为宽=log（测试/号），其中试验和文献试验和参考样本。


Details

详情----------Details----------

This defines the main class of objects defined in this package. It is created from maigesRaw class using the normalisation functions normLoc, normOLIN, normRepLoess, normScaleLimma and normScaleMarray. From this class of objects it is possible to do any type of analysis defined by several functions in this package. Also, it is possible to summarise spots (or samples) information using the function summarizeReplicates.
这个定义主要在这个包中定义的对象类。它是从maigesRaw使用标准化职能类创建normLoc，normOLIN，normRepLoess，normScaleLimma和normScaleMarray。从这个类的对象，它是可以做到的任何类型的分析，在这个包中的几个函数定义。此外，它是可以总结点（或样品）使用功能summarizeReplicates的信息。


插槽----------Slots----------




W: numeric matrix containing the ratio values (in log2 scale) between the test and reference sample intensities (W
W：数字矩阵，包含测试和参考样本强度（以log2规模）之间的比值（宽




A: numeric matrix containing the mean intensity values between test and reference samples (also in log2 scale).  Spots corresponding to rows and samples (or chips) corresponding
A：数字矩阵包含测试和参考样本（也以log2规模）之间的平均强度值。点相应的行和相应的样品（或芯片）




SD: numeric matrix containing the standard deviation
SD：数字矩阵包含的标准偏差




IC1: numeric matrix containing the left margin of confidence interval defined by repeated lowess during the
IC1：数字矩阵包含反复LOWESS定义在置信区间的左边界




IC2: numeric matrix containing the right margin of
IC2：数字矩阵包含右边缘




BadSpots: logical vector specifying spots that was judged as bad ones. By default this slot is created as a vector of
BadSpots：逻辑向量指定为坏的判断点。默认情况下，这个槽被创建作为向量




UseSpots: logical matrix indexing the spots to be used
UseSpots：逻辑基质索引的斑点被用来




GeneGrps: a logical matrix with rows representing the spots and columns representing different gene groups. Each column
GeneGrps：逻辑与代表点和列代表不同基因组的行矩阵。每列




Paths: list containing graphNEL objects specifying gene regulatory networks (or pathways). The first object in this list is a char string giving the gene label used to
Paths：列表，其中包含graphNEL指定的基因调控网络（或途径）的对象。在此列表中的第一个对象是一个char字符串提供用于基因标签




Layout: a list containing the number of rows (gridR) and columns (gridC) of grids, the number of rows (spotR) and columns (spotC) of spots inside each grid and the total
Layout：一个列表，其中包含的行数（gridR）和列的网格（gridC），行数（spotR）和列（spotC 内每个网格点）和总




Glabels: data frame giving the gene labels. These
Glabels：数据框，使基因标签。这些




Slabels: data frame giving the sample labels. These
Slabels：数据框，使样品标签。这些




Notes: char string that receives any comment about the
Notes：字符的字符串，收到任何有关的评论




Date: char string giving the date and hour that the
Date：char字符串的日期和时间




V.info: list containg three characters. The first one is a string containing the R version used when the object was created. The second is a char vector with base packages and the last one is another char vector with additional packages and
V.info：列表containg三个大字。第一个是一个字符串，其中包含创建对象时使用的R版本。第二个是基础包炭向量和最后一个字符向量和另一个额外的软件包


方法----------Methods----------




[ signature(x = 'maiges'): subsetting operator for spots on the array or arrays in the batch, ensures that all slots
[signature(x = 'maiges')：运营商批次中的数组或阵列点的子集，确保所有插槽




boxplot signature(x = 'maiges'): boxplot method for maiges class. Display boxplots of the slides and print tip groups using package marray or boxplots of
盒形图signature(x = 'maiges')：盒形图的方法maiges类。使用的包marray或盒状图显示的幻灯片和打印头组的盒状图




dim signature(x = 'maiges', value = 'numeric'): get
暗淡signature(x = 'maiges', value = 'numeric')：得到




image signature(x = 'maiges'): image method for maiges class. Display colour representation of
图像signature(x = 'maiges')：maiges类图像的方法。显示颜色表示




plot signature(x = 'maiges'): plot method for
图signature(x = 'maiges')：积方法




print signature(x = 'maiges'): print method for
打印signature(x = 'maiges')：打印方法




show signature(x = 'maiges'): show method for
显示signature(x = 'maiges')：show方法




summary signature(x = 'maiges'): summary method for
摘要signature(x = 'maiges')：简易方法


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves &lt;<a href="mailto:gesteves@vision.ime.usp.br">gesteves@vision.ime.usp.br</a>&gt;




参见----------See Also----------

normLoc, normOLIN, normRepLoess, normScaleLimma, normScaleMarray and summarizeReplicates.
normLoc，normOLIN，normRepLoess，normScaleLimma，normScaleMarray和summarizeReplicates。

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。