R语言 maigesPack包 loadData()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

loadData(maigesPack)
loadData()所属R语言包：maigesPack

                                         Load cDNA microarray data tables
                                         加载cDNA微阵列数据表

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function loads a cDNA microarray dataset into a temporary maigesPreRaw object.
此功能的cDNA微阵列数据集加载到一个临时的maigesPreRaw对象。


用法----------Usage----------


loadData(fileConf=paste(R.home(), "library/maiges/doc/gastro/load_gastro.conf", sep="/"))



参数----------Arguments----------

参数：fileConf
string specifying a file name containing the parameters to load data. This file must contain all the information necessary to load the data, which are the following:<br>     
字符串，指定一个文件名包含的参数来加载数据。这个文件必须包含所有必要的信息来加载数据，这是下面的：参考

dataDir:specify a folder name containing the data files to be loaded. The function tests the presence or not of the final bar.  
DATADIR：包含要加载的数据文件指定一个文件夹的名称。功能测试最后条形的存在与否。

ext:string specifying the extension of the tables (if the sampleFile below don't contain this information). You don't need to put the dot onto string beginning, the function tests this automatically.  
分机：字符串指定表的扩展名（如果下面的sampleFile不包含此信息）。你不需要把点到字符串的开头，这个自动功能测试。

sampleFile:string containing the file name with the descriptions of the biological samples hybridised, including  the respective intensity data files. This file must be  spreadsheet-like separated by tabs in a plain text format. The column fields 'File' and 'Ref' are mandatory (with exactly these names). The first one describes the files containing the numerical data and the second one describes the channel used to label the reference sample, must be 'green' or 'red' and they are not case sensitive.  
sampleFile：字符串，其中包含文件名的与生物hybridised样品，包括各自的强度数据文件的描述。此文件必须是类似电子表格的纯文本格式的标签分离。列字段“文件”和“号”是强制性的（正是这些名字）。第一个描述文件包含数值数据，第二个描述用来标记的参考样本的通道，必须是绿色或红色，他们是不区分大小写。

datasetId:string with a dataset identification.  
datasetId：数据集识别的字符串。

geneMap:as in sampleFile, this item is a character string giving a file name. This file must describe the genes on the slides. Also it must be a plain text spreadsheet-like separated by tabs. There are no mandatory field, but it is strongly recommended that you specify some fields containing gene names, genbank ID, cluster ID and gene annotations for a nice gene identification.  
geneMap：如在sampleFile，这个项目是一个字符串给一个文件名。此文件必须描述在幻灯片上的基因。此外，它必须是一个纯文本类似电子表格的制表符分隔。有没有强制性的领域，但强烈建议您指定的一些领域，含有基因名称，GenBank登录ID，聚类ID和一个很好的基因鉴定的基因注释。

headers:character string (in the R format) specifying the column fields from data files you want to load.  
标题：您要载入的数据文件中指定的列字段的字符串（R格式）。

skip:number of lines to be skipped in the numeric tables.  
跳到：数字表中跳过的行数。

sep:character that separates the fields on the numeric tables.  
9月：字符，数字表上分开的领域。

gridR:number of print tip rows inside the slide.  
gridR：里面的幻灯片打印提示行数。

gridC:number of print tip columns inside the slide.  
gridC：里面的幻灯片打印尖列数。

printTipR:number of rows inside each print tip.  
printTipR：每个打印头内的行数。

printTipC:number of columns inside each print tip.     You can see an example of this configuration file in RHOME/library/maiges/doc/gastro/load\_gastro.conf.
printTipC：每个打印头内的列数。你可以看到/图书馆/ RHOME maiges / DOC /胃/负载\ _gastro.conf这个配置文件的一个例子。


Details

详情----------Details----------

This function takes the file name with initial arguments and load the dataset specified by this config file. It generate a maigesPreRaw object. During the process the function writes a file named load.out on your working folder, that is a log of the process, that you can check and verify if all was done correctly. Obviously, the parameters dataDir, sampleFile, geneMap, sep, gridR, gridC, printTipR, printTipC and headers must be specified. All other parameters may be specified as NULL and, if so, they are ignored. It is possible to specify any fields that you want in the headers parameter, but it is  strongly recommended that you specify the fields of spot intensity and background for both channels and the filed giving quality weights for all spots.
此功能需要与初始参数文件的名称和加载此配置文件中指定的数据集。它生成maigesPreRaw对象。在这个过程中的功能写入名为load.out对你的工作文件夹的文件，这是一个过程的log，你可以检查和验证，如果全部正确完成。显然，必须指定参数DATADIR，sampleFile，geneMap，九月，gridR，gridC，printTipR，printTipC和头。所有其他参数可以指定为NULL，如果是这样，它们将被忽略。它可以指定任何你想在头参数的领域，但强烈建议您指定的渠道和所有景点提交给质量重当场强度和背景的领域。


值----------Value----------

This function returns a maigesPreRaw object containing the dataset loaded.
这个函数返回一个maigesPreRaw对象，其中包含加载的数据集。

Once an object of class maigesPreRaw was generated, you may use the functions addGeneGrps and addPaths to load informaation about gene groups and gene networks, respectively.
一旦一个类的对象maigesPreRaw生成的，你可以使用的功能addGeneGrps和addPaths加载informaation有关基因组和基因网络，分别。


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves &lt;<a href="mailto:gesteves@vision.ime.usp.br">gesteves@vision.ime.usp.br</a>&gt;




举例----------Examples----------


## Don't run because you don't have data tables.[＃不要运行，因为你没有数据表。]
## Not run: [＃无法运行：]
gastro = loadData(fileConf="load_gastro.conf")


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。