R语言 maigesPack包 image()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

image(maigesPack)
image()所属R语言包：maigesPack

                                         Method image for objects defined in this package
                                         在这个包中定义的对象的方法的图像

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generic function image to display colour maps of numerical values stored in objects defined in this package.
泛型函数image在此包中定义的对象中存储的数值显示的彩色图。


用法----------Usage----------


## S3 method for class 'maigesRaw'
image(x, ...)

## S3 method for class 'maiges'
image(x, ...)

## S3 method for class 'maigesANOVA'
image(x, ...)

## S3 method for class 'maigesRelNetB'
image(x=NULL, name=NULL, ...)

## S3 method for class 'maigesRelNetM'
image(x=NULL, names=NULL, ...)

## S3 method for class 'maigesActMod'
image(x, type=c("S","C")[2], keepEmpty=FALSE, ...)

## S3 method for class 'maigesActNet'
image(x, type=c("score","p-value")[1], ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
an object of class maigesRaw, maiges, maigesANOVA, maigesRelNetB, maigesRelNetM, maigesActMod or maigesActNet defined in this package.
一个类的对象maigesRaw，maiges，maigesANOVA，maigesRelNetB，maigesRelNetM，maigesActMod或maigesActNet在此包中定义。


参数：name
character string giving a name for sample type tested to be plotted as a name in the method for class maigesRelNetB.
字符串给人一种测试，以作为绘制方法中的类maigesRelNetB的名称样品类型的名称。


参数：names
similar to the previous one, but it is a vector of length 3 for class maigesRelNetM.
前一个类似，但它是一类maigesRelNetM长度为3的向量。


参数：type
string specifying the type of colour map to be plotted. For class maigesActMod it must be 'S' or 'C' for samples or biological conditions, respectively. For class maigesActNet it must be 'score' or 'p-value' for the statistics or p-values of the tests, respectively.
彩色图类型的字符串，指定要绘制。类maigesActMod的必须的S或C为样品或生物条件，分别。类maigesActNet“它必须是”得分“或”p值“的统计或p值测试，分别。


参数：keepEmpty
logical, if true the results of all gene groups are displayed, else only the gene groups that present at least one significant result are displayed.
逻辑，如果属实的所有基因组的结果显示，只有其他的基因组，目前至少有一个重要的结果显示。


参数：...
additional arguments for the generic method image from graphics package or maImage defined in package marray (for maigesRaw, maiges or maigesANOVA classes), in this case the additional parameters must not be named, because these names conflict with the boxplot generic function definition.
泛型方法image从图形软件包或maImage在包marray定义（maigesRaw，maiges或maigesANOVA类），在这种情况下，额外的参数额外的参数不能被命名，因为这些boxplot泛型函数定义的名称冲突。


Details

详情----------Details----------

This method uses the function maImage from marray package to display colour maps of accessor methods defined into marray package for objects of class maiges or maigesRaw and maigesANOVA.
此方法使用功能maImagemarray包显示marray包定义类对象maiges或maigesRaw和maigesANOVA存取方法的彩色图。

For objects of class maigesRelNetM the method displays 3 colour maps representing the correlation values for the two groups tested and the p-values of the tests.
对于类对象maigesRelNetM方法显示3表示两个测试组相关的价值观和测试的P-值的彩色图。

For class maigesRelNetB it displays the correlation values for the type tested.
类maigesRelNetB它显示的测试类型的相关值。

In objects of class maigesActMod it displays the fraction of genes induced or repressed for each gene group, by samples or biological type.
在类对象maigesActMod它显示了每个基因组样品或生物类型，诱导或抑制基因的一小部分。

Finally, for class maigesActNet, the method display the matrix of statistics or p-values of the tests.
最后，为类maigesActNet，该方法显示的统计数据或测试的p-值的矩阵。

Pay attention, if you specify the parameter x (but not named) for maImage) it will plot the M values instead of W (default).
注意，如果指定参数xmaImage）将绘制的M值，而不是W（默认）（未命名）。


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves <gesteves@vision.ime.usp.br>




参见----------See Also----------

image in the graphics package and maImage in marray package.
image在图形包和maImagemarray包。


举例----------Examples----------


## Loading the dataset[＃载入数据集]
data(gastro)

## Doing image plots (using package marray), default method showing the[＃做形象图（使用包marray）的，显示的默认方法]
## W values (for 1st chip), after showing the A values (2nd chip) and[＃W值（1片），显示A值（第二片）]
## red background (20th chip).[＃红色背景（20片）。]
image(gastro.raw[,1])
image(gastro.raw[,2], "maA")
image(gastro.raw[,20], "maRb")

## Example for normalized objects (showing A values for the 5th chip).[＃示例（显示第五届芯片的A值）为规范化的对象。]
image(gastro.norm[,5], "maA")



## Example for object of class maigesRelNetB[＃对象类maigesRelNetB的为例]

## Constructing the relevance network (Butte's method) for sample[＃构建样品的相关网络（小山的方法）]
## 'Tissue' equal to 'Neso' for the 1st gene group[＃组织等于1的基因组“NESO”]
gastro.net = relNetworkB(gastro.summ, sLabelID="Tissue",
  samples="Neso", geneGrp=1, type="Rpearson")

image(gastro.net)




## Example for object of class maigesRelNetM[＃对象类maigesRelNetM的为例]

## Constructing the relevance network for sample[＃样品的相关网络建设]
## 'Tissue' comparing 'Neso' and 'Aeso' for the 1st gene group[＃组织“NESO”和“Aeso”的第一个基因组比较]
gastro.net = relNetworkM(gastro.summ, sLabelID="Tissue",
  samples = list(Neso="Neso", Aeso="Aeso"), geneGrp=11,
  type="Rpearson")

image(gastro.net)

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