hierMde(maigesPack)
hierMde()所属R语言包：maigesPack
Function to do hierarchical cluster analysis
函数做聚类分析
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This is a function to do hierarchical clustering analysis for objects of classe maigesDEcluster.
这是一个做的CLASSE的maigesDEcluster的对象聚类分析的功能。
用法----------Usage----------
hierMde(data, group=c("C", "R", "B")[1], distance="correlation",
method="complete", doHeat=TRUE, sLabelID="SAMPLE",
gLabelID="GeneName", idxTest=1, adjP="BH",
nDEgenes=0.05, ...)
参数----------Arguments----------
参数：data
object of class maigesDEcluster.
对象类maigesDEcluster。
参数：group
character string giving the type of grouping: by rows 'R', columns 'C' (default) or both 'B'.
字符串类型分组：由行“R”，列“C”（默认）或两个“B”。
参数：distance
char string giving the type of distance to use. Here we use the function Dist and the possible values are 'euclidean', 'maximum', 'manhattan', 'canberra', 'binary', 'pearson', 'correlation' (default) and 'spearman'.
char字符串距离使用。在这里，我们使用的功能Dist和可能的值是“欧几里德”，“最大”，“曼哈顿”，“堪培拉”，“二进制”，“培”，“相关性”（默认）和矛。
参数：method
char string specifying the linkage method for the hierarchical cluster. Possible values are 'ward', 'single', 'complete' (default), 'average', 'mcquitty', 'median' or 'centroid'
char字符串指定联动层次聚类方法。可能的值是病房，单，完成（默认），平均，mcquitty“，”中位数“或”重心“
参数：doHeat
logical indicating to do or not the heatmap. If FALSE, only the dendrogram is displayed.
逻辑指示做或不热图。如果为FALSE，只有树状显示。
参数：sLabelID
character string specifying the sample label ID to be used to label the samples.
字符串指定样品的标签标识被用来标记的样品。
参数：gLabelID
character string specifying the gene label ID to be used to label the genes.
字符串指定的基因标签的ID被用来标记基因。
参数：idxTest
numerical index of the test to be used to sort the genes when clustering objects of class maigesDEcluster.
数值指标的基因排序聚类类maigesDEcluster的对象时，要使用的测试。
参数：adjP
string specifying the method of p-value adjustment. May be 'none', 'Bonferroni', 'Holm', 'Hochberg', 'SidakSS', 'SidakSD', 'BH', 'BY'.
字符串，指定P-值调整的方法。可能是无，邦弗朗尼“，”霍尔姆“，”Hochberg“的”SidakSS，SidakSD“，”波黑“，”。
参数：nDEgenes
number of DE genes to be selected. If a real number in (0,1) all genes with p.value <= nDEgenes will be used. If an integer, the nDEgenes genes with smaller p-values will be used.
DE的基因数目要选择。如果一个实数（0,1）中所有的基因与p.value <=nDEgenes将被使用。如果一个整数，nDEgenes小p值的基因将被使用。
参数：...
additional parameters for heatmap function.
heatmap函数的附加参数。
Details
详情----------Details----------
This function implements the hierarchical clustering method for objects resulted from differential expression analysis. The default function for hierarchical clustering is the hclust. For the adjustment of p-values in the selection of genes differentially expressed, we use the function mt.rawp2adjp from package multtest.
此功能实现层次聚类方法的差异表达分析结果的对象。层次聚类的默认功能是hclust。为p-值调整中的差异表达基因的选择，我们使用功能mt.rawp2adjp包multtest。
值----------Value----------
This function display the heatmaps and don't return any object or value.
此功能显示的热图，不返回任何对象或值。
作者（S）----------Author(s)----------
Gustavo H. Esteves <<a href="mailto:gesteves@vision.ime.usp.br">gesteves@vision.ime.usp.br</a>>
参见----------See Also----------
somM and kmeansM for displaying SOM and k-means clusters, respectively.
somM和kmeansM显示SOM和K-均值聚类，分别。
举例----------Examples----------
## Loading the dataset[＃载入数据集]
data(gastro)
## Doing bootstrap from t statistic test fot 'Type' sample label, k=1000[t统计检验FOT“类型的样品标签，K = 1000＃做引导]
## specifies one thousand bootstraps[＃指定一万白手起家]
gastro.ttest = deGenes2by2Ttest(gastro.summ, sLabelID="Type")
## Hierarchical cluster adjusting p-values by FDR, and showing all genes[＃聚类调整FDRp值，并显示所有基因]
## with p-value < 0.05[＃p值<0.05]
hierMde(gastro.ttest, sLabelID="Type", adjP="BH", nDEgenes=0.05)
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发表于 2012-2-26 00:07:10
