R语言 maigesPack包 getLabels()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

getLabels(maigesPack)
getLabels()所属R语言包：maigesPack

                                         Method getLabels to pick gene and sample labels
                                         的方法getLabels挑选基因和样品标签

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generic function getLabels to extract labels given an ID to genes or samples.
泛型函数getLabels提取基因或样品编号的标签。


用法----------Usage----------


getLabels(obj, labelID=NULL, sLabel=TRUE)

## Default S3 method:[默认方法]
getLabels(obj=NULL, labelID=NULL, sLabel=TRUE)

## S3 method for class 'maigesDE'
getLabels(obj=NULL, labelID=NULL, sLabel=TRUE)

## S3 method for class 'maigesDEcluster'
getLabels(obj=NULL, labelID=NULL, sLabel=TRUE)

## S3 method for class 'RGList'
getLabels(obj=NULL, labelID=NULL, sLabel=TRUE)

## S3 method for class 'MAList'
getLabels(obj=NULL, labelID=NULL, sLabel=TRUE)

## S3 method for class 'marrayRaw'
getLabels(obj=NULL, labelID=NULL, sLabel=TRUE)

## S3 method for class 'marrayNorm'
getLabels(obj=NULL, labelID=NULL, sLabel=TRUE)




参数----------Arguments----------

参数：obj
object to look for labels. Methods defined for classes maigesRaw, maiges, maigesDE, maigesDEcluster, RGList, MAList, marrayRaw and marrayNorm.
反对寻找标签。为类maigesRaw，maiges，maigesDE，maigesDEcluster，RGList，MAList，marrayRaw和marrayNorm定义的方法。


参数：labelID
character string with label name to be searched.
标签名称的字符的字符串进行搜索。


参数：sLabel
logical indicating search in the sample labels, defaults to TRUE. If FALSE search is done for gene labels.
逻辑表明搜索在样品的标签，默认为TRUE。如果假搜索基因标签。


Details

详情----------Details----------

The name of gene labels are done by the names of the slot Glabels in objects of classes maigesRaw or maiges, the slot GeneInfo in objects of classes maigesDE or maigesDEcluster, the slot genes in objects of classes RGList or MAList and the slot maGnames@maInfo in objects of classes marrayRaw or marrayNorm. Equivalently, the name of sample labels are done by the names of the slots Slabels, SampleInfo, targets and maTargets@maInfo.
基因标签的名称插槽Glabels类的对象maigesRaw或maiges，插槽GeneInfo类的对象maigesDE的名称maigesDEcluster，插槽genes类的对象RGList或MAList“插槽maGnames@maInfo类的对象marrayRaw或<X >等价插槽的名称，样品标签的名称marrayNorm，Slabels，SampleInfo和targets。


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves &lt;gesteves@vision.ime.usp.br&gt;




举例----------Examples----------


## Loading dataset[＃载入数据集]
data(gastro)

## Getting the 'Tissue' label for samples in maigesRaw class object[＃获取在maigesRaw类对象的“组织”对样品的标签，]
getLabels(gastro.raw, "Tissue", sLabel=TRUE)

## Getting the 'Type' label for samples in maigesNorm class object[＃获取在maigesNorm类对象的“类型”对样品的标签]
getLabels(gastro.summ, "Type", sLabel=TRUE)

## Getting the 'GeneName' label for genes (spots) in maigesRaw class object[＃获取在maigesRaw类对象“GeneName”基因标签（点）]
getLabels(gastro.raw, "GeneName", sLabel=FALSE)

## Getting the 'Annot' label for samples in maigesNorm class object[＃获取在maigesNorm类对象“Annot”对样品的标签，]
getLabels(gastro.summ, "Annot", sLabel=FALSE)

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