R语言 maigesPack包 activeMod()函数中文帮助文档(中英文对照)

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activeMod(maigesPack)
activeMod()所属R语言包：maigesPack

                                        Functional classification of gene groups
                                         基因组的功能分类

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function calculate profiles of expression for groups of genes in each sample of the dataset and for each biological condition (group of samples).
此函数计算的表达谱，在每个数据集的样本的基因组，并为每个生物条件（样本组）。


用法----------Usage----------


activeMod(data=NULL, gNameID="GeneName", samples=NULL, usePaths=FALSE,
          sLabelID="Classification", adjP="none", cutExp=1,
          cutPhiper=0.05)



参数----------Arguments----------

参数：data
object of class maiges to be used to functionally classify gene groups stored in GeneGrps slot.
类对象maigesGeneGrps插槽中的基因组功能分类。


参数：gNameID
character string specifying identification of gene label to be used.  
字符串指定要使用基因识别标签。


参数：sLabelID
idem to the previous argument for identification of sample label.
同上样品的标签标识以前的说法。


参数：samples
a list with character vectors specifying the groups that must be compared.
指定组必须比较的字符向量列表。


参数：usePaths
logical specifying if the pathways given in Paths slot must also be used, defaults to FALSE.
逻辑指定如果Paths插槽给予的途径也必须使用的，默认为false。


参数：cutExp
real number specifying the cutoff for expression levels (to discretise the expression)
表达水平的实数，指定截止（以discretise表达）


参数：adjP
character string giving the type of p-value adjustment. May be 'Bonferroni', 'Holm', 'Hochberg', 'SidakSS', 'SidakSD', 'BH', 'BY' or 'none'. Defaults to 'none'. See function mt.rawp2adjp in package multtest for more details.
P-值调整的类型字符串。可能邦弗朗尼“，”霍尔姆“，”Hochberg“的”SidakSS，SidakSD，波黑，的或没有。默认为none。看到功能mt.rawp2adjp包中更多细节multtest的。


参数：cutPhiper
p-value cutoff to select significant gene groups.
截止到选择p值显着的基因组。


Details

详情----------Details----------

If the argument samples is NULL, all types defined by the sample label given by sLabelID are used. It is possible to use the plot.maigesActMod and image.maigesActMod to display the results of this analysis. This function is based in the method proposed by Segal et al. (2004).
如果samples参数是NULL，由sLabelID用于给定的样本标签中定义的所有类型。它是可以使用plot.maigesActMod和image.maigesActMod显示分析结果。此功能是基于西格尔等人提出的方法。 （2004年）。


值----------Value----------

The result of this function is an object of class maigesActMod.
这个函数的结果是一个对象类maigesActMod。


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves &lt;<a href="mailto:gesteves@vision.ime.usp.br">gesteves@vision.ime.usp.br</a>&gt;




参考文献----------References----------

conditional activity of expression modules in cancer. Nature Genetics, 36, 1090-1098, 2004. (http://www.nature.com/ng/journal/v36/n10/abs/ng1434.html)

参见----------See Also----------

activeModScoreHTML, maigesActMod, plot.maigesActMod, image.maigesActMod, mt.rawp2adjp
activeModScoreHTML，maigesActMod，plot.maigesActMod，image.maigesActMod，mt.rawp2adjp


举例----------Examples----------


## Loading a little dataset[＃载入一个小的数据集]
data(gastro)

## Doing functional classification of gene groups for 'Tissue' sample label[＃做功能分类基因组的“组织”的样本标签]
gastro.mod = activeMod(gastro.summ, sLabelID="Tissue", cutExp=1,
  cutPhiper=0.05)

## Doing functional classification of gene groups together with the[＃做基因组的功能分类，连同]
## networks given by Paths slot for 'Tissue' sample label. Also we are[＃网络路径槽定为“组织”的样本标签。此外，我们]
## using a cuttoff for p-value of hipergeometric test as 0.1[＃p值hipergeometric测试为0.1 cuttoff]
gastro.mod = activeMod(gastro.summ, sLabelID="Tissue", cutExp=1,
  cutPhiper=0.1, usePaths=TRUE)

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