plotgenes(made4)
plotgenes()所属R语言包：made4
Graph xy plot of variable (gene) projections from PCA or COA. Only label variables at ends of axes
PCA或COA图XY图的变量（基因）的预测。只有在轴两端的标签变量
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Graph xy plot of variables but only label variables at ends of X and Y axes. Useful for graphing genes coordinates (\$co) resulting from PCA or COA of microarray data.
图XY绘图的变量，但唯一的标签变量X和Y轴的两端。图表基因坐标（\ $ CO）从微阵列数据的PCA或农委会有用。
用法----------Usage----------
plotgenes(coord, nlab = 10, axis1 = 1, axis2 = 2, genelabels = row.names(coord), boxes = TRUE,
colpoints = "black", ...)
参数----------Arguments----------
参数：coord
a data.frame or matrix or object from ord bga or cia analysis with at least two columns, containing x, y coordinates to be plotted.
data.frame或matrix或对象ordbga或cia分析，至少有两列，包含x，y坐标绘制。
参数：nlab
Numeric. An integer indicating the number of variables at ends of axes to be labelled.
数字。在轴两端的整数，指示变量的数目必须标明。
参数：axis1
An integer, the column number for the x-axis. Default is 1, so axis 1 is dudivar[,1].
一个整数，列数为x轴。默认值是1，所以1轴是dudivar [1]。
参数：axis2
An integer, the column number for the y-axis. Default is 2, so axis 2 is dudivar[,2].
一个整数，列数为y轴。默认值是2，所以2轴dudivar [，2]。
参数：genelabels
A vector of gene (variable) labels. Default is row.names(coord)
一个基因（可变）标签的向量。默认是row.names（坐标）
参数：boxes
A logical, indicating whether a box should be plotted surrounding each variable label. The default is TRUE.
一个逻辑，指示是否应周围的每个变量的标签绘制一个框。默认TRUE。
参数：colpoints
The colour of the points on the plot. The default is "black".
图点的颜色。默认的是“黑”。
参数：...
further arguments passed to or from other method.
通过进一步的论据或其他方法。
Details
详情----------Details----------
plotgenes calls the function genes which return an index of the "top" variables at the ends of the x and y axes.
plotgenes调用函数genes返回一个“顶”变量指数在X和Y轴的两端。
If you wish to return a table or list of the top genes at the end of an axis, use the function topgenes.
如果你想在轴返回顶端基因表或列表，使用功能topgenes。
值----------Value----------
An xy plot
一个XY图
注意----------Note----------
plotgenes plots variables using s.var, which is a modified version of s.label.
plotgenes图使用s.var，这是一个修改后的版本s.label变量。
作者（S）----------Author(s)----------
Aedin Culhane
参见----------See Also----------
See Also as s.var and s.label
另见s.var和s.label
举例----------Examples----------
data(khan)
if (require(ade4, quiet = TRUE)) {
khan.ord<-ord(khan$train, classvec=khan$train.classes)
}
par(mfrow=c(2,2))
#s.var(khan.ord$co, col=as.numeric(khan$train.classes), clabel=0.8)[s.var（$ khan.ord合作，COL = as.numeric（汗美元train.classes），clabel = 0.8）]
plotgenes(khan.ord, colpoints="red")
plotgenes(khan.ord, colpoints="red", genelabels=khan$annotation$Symbol)
plotgenes(khan.ord, colpoints="gray", genelabels=khan$annotation$Symbol,boxes=FALSE)
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发表于 2012-2-26 00:02:20
