R语言 made4包 khan()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

khan(made4)
khan()所属R语言包：made4

                                        Microarray gene expression dataset from Khan et al., 2001. Subset of 306 genes.
                                         汗等的微阵列基因表达数据集。，2001年。 306个基因子集。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Khan contains gene expression profiles of four types of small round blue cell tumours of childhood (SRBCT) published by Khan et al. (2001). It also contains further gene annotation retrieved from SOURCE at http://source.stanford.edu/.
汗包含四种类型的汗等人发表的童年的小圆蓝单元瘤（SRBCT）的基因表达谱。 （2001年）。它也包含了进一步的基因注释在http://source.stanford.edu/源中检索。


用法----------Usage----------


data(khan)



格式----------Format----------

Khan is dataset containing the following:
汗是集包含以下：

\$train:data.frame of 306 rows and 64 columns.  The training dataset of 64 arrays and 306 gene expression values
\ $列车：data.frame306行和64列。 64阵列和306基因表达值的训练集

\$test:data.frame, of 306 rows and 25 columns.  The test dataset of 25 arrays and 306 genes expression values
\ $测试：data.frame，306行和25列。 25阵列和306个基因的表达值的测试数据集

\$gene.labels.imagesID:vector of 306 Image clone identifiers corresponding to the rownames of \$train and \$test.
\ $ gene.labels.imagesID：vector306图像克隆火车和\ $ \ $测试rownames相应的标识符。

\$train.classes:factor with 4 levels "EWS", "BL-NHL", "NB" and "RMS", which correspond to the four groups in  the \$train dataset
\ $ train.classes：factor4级“预警系统”，“BL-NHL的”，“自然美”和“有效值”，它们分别对应四组在\ $列车集

\$test.classes:factor with 5 levels "EWS", "BL-NHL", "NB", "RMS" and "Norm" which correspond to the five  groups in the \$test dataset
\ $ test.classes：factor5级“预警系统”，“BL-NHL的”，“自然美”，“有效值”和“规范”在\ $五组对应测试数据集

\$annotation:data.frame of 306 rows and 8 columns.  This table contains further gene annotation retrieved from SOURCE  http://SOURCE.stanford.edu in May 2004.  For each of the 306 genes,
\ $注释：data.frame306行8列。此表包含进一步基因注释从源http://SOURCE.stanford.edu检索，在2004年5月。对于每306个基因，

\$CloneIDImage Clone ID
\ $ CloneIDImage克隆ID

\$UGClusterThe Unigene cluster to which the gene is assigned
\ $ UGClusterThe Unigene的聚类，该基因被分配到

\$SymbolThe HUGO gene symbol
\ $ SymbolThe HUGO基因符号

\$LLIDThe locus ID
\ $ LLIDThe座位编号

\$UGRepAccNucleotide sequence accession number
\ $ UGRepAccNucleotide序列加入数

\$LLRepProtAccProtein sequence accession number
\ $ LLRepProtAccProtein序列加入数

\$Chromosomechromosome location
\ $ Chromosomechromosome位置

\$Cytobandcytoband location
\ $ Cytobandcytoband位置


Details

详情----------Details----------

Khan et al., 2001 used cDNA microarrays containing 6567 clones of which 3789 were known genes and 2778 were ESTs to study the expression of genes in of four types of small round blue cell tumours of childhood (SRBCT).   These were neuroblastoma (NB), rhabdomyosarcoma (RMS), Burkitt lymphoma, a  subset of non-Hodgkin lymphoma (BL), and the Ewing family of tumours (EWS). Gene expression profiles from both tumour biopsy and cell line  samples were obtained and are contained in this dataset. The dataset downloaded  from the website contained the filtered dataset of 2308 gene expression profiles as described by Khan et al., 2001.  This dataset is available from the http://bioinf.ucd.ie/people/aedin/R/.
汗等，2001中使用含有6567这3789个已知基因和2778克隆的cDNA微阵列无害环境技术的研究在四种类型童年的小圆蓝单元瘤（SRBCT）基因的表达。这些神经母单元瘤（NB），横纹肌肉瘤（RMS），Burkitt淋巴瘤，非霍奇金淋巴瘤（BL）的一个子集，和尤因家庭肿瘤（EWS），。获得肿瘤活检和单元样本的基因表达谱，并在本集所载。从网站上下载的数据集包含2308基因表达谱的筛选集汗等人，2001年。本集是从http://bioinf.ucd.ie/people/aedin/R/。

In order to reduce the size of the MADE4 package, and produce small example datasets, the top 50 genes from the ends of 3 axes following bga were selected. This produced a reduced datasets of 306 genes.
为了减少的MADE4包的大小，并产生3轴bga选择完小的数据集，例如前50个基因。这306个基因产生减少数据集。


源----------Source----------

khan contains a filtered data of 2308 gene expression profiles as published and provided by Khan et al. (2001) on the supplementary  web site to their publication  http://research.nhgri.nih.gov/microarray/Supplement/.
khan包含2308基因表达谱筛选的出版和汗等人提供的数据。 （2001年）补充其出版物http://research.nhgri.nih.gov/microarray/Supplement/网站。


参考文献----------References----------

data. Bioinformatics. 18(12):1600-8.
Berthold,F., Schwab,M., Antonescu,C.R., Peterson,C. et al. (2001) Classification and diagnostic  prediction of cancers using gene expression profiling and artificial neural networks.  Nat. Med., 7, 673-679.

举例----------Examples----------


data(khan)
summary(khan)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。