preprocessedLoader(macat)
preprocessedLoader()所属R语言包：macat
Read in data and produce MACAT list
读取数据和生产麦科特列表
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function reads expression data either from a saved R-file (.RData,.rda), or from a tab-separated text-file (.xls). For building a MACAT-list structure from objects in your workspace, you can either use this function or the convenience wrapper 'buildMACAT'.
这个函数读取已保存的R-文件（。RDATA，RDA）的表达数据，或从一个制表符分隔的文本文件（XLS）。 1的麦科特名单结构建设从您的工作空间中的对象，您可以使用此功能的便利包装“buildMACAT”。
用法----------Usage----------
preprocessedLoader(rdatafile, chip, labels = NULL, chromLocObj = NULL,
rdafile = TRUE, tabfile = FALSE, labelfile = FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：rdatafile
Complete name of the expression data file, or the expression matrix
表达数据文件的完整名称，或表达矩阵
参数：chip
Identifier of the used microarray. To date only commercial Affymetrix microarrays are supported by MACAT
标识符所使用的芯片。迄今为止，只有商业Affymetrix公司芯片支持由麦科特
参数：labels
Classlabels of the samples, vector of same length as number of columns in expression matrix; alternatively complete name of textfile with one label per line
classlabels样品，表达矩阵的列数，每行一个标签或者文本文件的完整名称相同长度的向量
参数：chromLocObj
Object of class chromLocation specifying the genomic position, each probe on the array is mapped to. If not provided, it is build in the function using annotate's function buildChromLocation.
类的对象chromLocation指定的基因组的位置，每个探测器阵列上的映射到。如果不提供，它是建立在功能使用annotate的功能buildChromLocation。
参数：rdafile
Logical; is first argument a saved R-file?
逻辑;是第一个参数的R-文件保存的吗？
参数：tabfile
Logical; is first argument a tab-separated text file?
逻辑;第一个参数是一个制表符分隔的文本文件？
参数：labelfile
Logical; is third argument a file with one label per line?
逻辑;是第三个参数，每行一个标签的文件？
值----------Value----------
List of class 'MACATData' with 6 components:
名单类MACATData“6个部分组成：
参数：geneName
Identifiers of genes/probe sets in expression data
基因/探针设置在表达数据的标识符
参数：geneLocation
Location of genes on their chromosome as distance from 5'end in base pairs Negative numbers denote genes on the antisense strand.
其染色体上的基因的位置，从5端碱基对的距离为负数表示基因的反义链上。
参数：chromosome
Chromosome of the respective gene. Components 'geneName', 'geneLocation', and 'chromosome' are in the same order.
各基因的染色体。在同一顺序组件的geneName，geneLocation“，”染色体“。
参数：expr
expression matrix with rows = genes and columns = samples/patients
行=基因和列=样品/患者的表达矩阵
参数：labels
(disease) subtype of each sample, has length = number of columns of expression matrix
（病）亚型，每个样品的长度=表达矩阵的列数
参数：chip
Identifier for Microarray used for the experiments
实验所用的芯片标识
注意----------Note----------
At present, macat can only work with Affymetrix microarrays, for which an annotation package is installed on your system. Such annotation packages can either be obtained from the Bioconductor annotation packages repository or be constructed using the Bioconductor package AnnBuilder. For an example, see the common annotation package hgu95av2.
目前，macat只能与Affymetrix芯片工作，为您的系统上安装了一个注解包。可以得到这样的注解包Bioconductor注解包库或使用Bioconductor包AnnBuilder。举一个例子，看到共同的注解包hgu95av2。
作者（S）----------Author(s)----------
MACAT development team
参见----------See Also----------
buildMACAT,read.table,
buildMACAT，read.table
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
# assume you have your HG-U95Av2 expression values in a[假设你有一个HG-U95Av2表达式的值]
# tab-separated text file, called 'foo.txt'[制表符分隔的文本文件，被称为“foo.txt的”]
mydata <- preprocessedLoader("foo.txt","hgu95av2",rdafile=FALSE,tabfile=TRUE)
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
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发表于 2012-2-25 23:58:57
