R语言 maanova包 dyeswapfilter()函数中文帮助文档(中英文对照)

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dyeswapfilter(maanova)
dyeswapfilter()所属R语言包：maanova

                                        Gene filter for dye-swap experiment
                                         基因过滤器对染料交换实验

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is used to flag the questionable spot in any kind of dye-swap experiment.
此功能是用来标记可疑的地方，在任何一种染料交换实验。

This function only works for 2-dye arrays.
此功能只适用于2染料阵列。


用法----------Usage----------


dyeswapfilter(dataobj, r=4)



参数----------Arguments----------

参数：dataobj
An object of class madata.
对象类madata。


参数：r
A cut-off value for bad spot. The genes with log-ratio difference larger than r times standard deviation will be flagged.
一个坏点，截止价值。数比差大于r次的标准偏差的基因标记。


Details

详情----------Details----------

For each pair of dye-swap, the difference in log ratios (d) are computed. Then compute the IQR (interquartile range) of d and convert that to Standard Deviation by SD = IQR/1.35. Any gene with d larger than r times SD will be flagged.
对于每一个对染料交换log比率的差异（D）计算。然后计算d的四分（四分位距）和转换，标准偏差SD = IQR/1.35。任何大于r次SD与D基因标记。

Note that I assume in the input data object, the adjacent arrays is a dye-swap pair.
请注意，我假设在输入数据对象，相邻阵列是对染料交换。


值----------Value----------

An object of class rawdata or madata with the flag field created or updated.
一个类的对象rawdata或madataflag场创建或更新。


作者（S）----------Author(s)----------


Hao Wu



举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
data(kidney)
# riplot before filtering[riplot过滤前]
riplot(kidney.raw, array=1)
# filter the gene[筛选基因]
rawdata <- dyeswapfilter(kidney.raw)
# riplot again - some genes are highlighted[riplot再次 - 突出一些基因]
riplot(rawdata, array=1)
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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