R语言 LVSmiRNA包 summarize()函数中文帮助文档(中英文对照)

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summarize(LVSmiRNA)
summarize()所属R语言包：LVSmiRNA

                                         LVSmiRNA Summarization Function(s) for microRNA Microarray
                                         LVSmiRNA综述功能（S）的microRNA芯片

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Summarize microRNA microarray data objects.
总结的microRNA芯片的数据对象。


用法----------Usage----------


summarize(object, ...)
## S3 method for class 'EList'
summarize(object,RA,remove.ctrl=FALSE,is.log=!is.null(object$preprocessing$Normalization),
method=c("rlm","medianpolish","mean"),verbose=FALSE,make.exprs=FALSE,...)
## S3 method for class 'RGList'
summarize(object,RA,remove.ctrl=FALSE,is.log=!is.null(object$preprocessing$Normalization),
method=c("rlm","medianpolish","mean"),verbose=FALSE,make.exprs=FALSE,...)



参数----------Arguments----------

参数：object
an object for which a summary is desired.
摘要所需的对象。


参数：RA
an object from estVC.
对象从estVC。


参数：remove.ctrl
logical, indicating whether to remove control probes.
逻辑，指出是否要删除控制探针。


参数：is.log
Are data already logged?
数据已经记录？


参数：method
currently, method "medianpolish","mean" and "rlm" are supported.
目前，法“medianpolish”，“是什么意思”，“RLM”支持。


参数：verbose
More output
更多的输出


参数：make.exprs
Should the output be and exprSet object?
如果输出是和exprSet对象呢？


参数：...
...
...


Details

详情----------Details----------

For multi-probe, multi-replicate microarray, intensities need to be summarized into a single expression value for each miRNA. The data objects are summarized as if they were lists.
多探针，多复制芯片，强度需要将总结为每个miRNA表达价值。总结数据对象，如果他们的名单。


值----------Value----------

An Elist object containing components as follows:
一个Elist对象，其中包含组件如下：


参数：G
matrix containing the summarized intensities for each array with miRNAs as rows and arrays as columns.  
矩阵含有作为miRNA的行和列的阵列，每个阵列的总结强度。


参数：Gb
matrix containing the background intensities for each array with probes as rows and arrays as columns.
矩阵包含行和列的阵列探针为每个阵列的背景强度。


参数：targets
data frame with column FileName giving the names of the files read, with column Sample giving the names of the samplse.  
数据柱框架FileName给的文件名读取列，Sample的的samplse给予的名称。


参数：genes
data frame containing annotation information about the probes, for examples gene names and IDs and positions on the array.
数据框包含注释信息，有关探针的例子基因的名称和ID和阵列上的立场。


参数：source
character string giving the image analysis program name.
给图像分析程序名称的字符串。


参数：preprocessing
list with components Background, Normalization, is.log, Summarization indicate which pre-processing step has been done.  
与组件列表Background，Normalization，is.log，Summarization前处理步骤已经完成。


作者（S）----------Author(s)----------


Stefano Calza <stefano.calza@biostatistics.it>, Suo Chen and Yudi Pawitan.



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

lvs, estVC
lvs，estVC


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]

data("MIR-spike-in")
AA <- estVC(MIR,method="joint")
dd <- summarize(MIR,RA=AA,method="rlm")

##summarization methods other than rlm, object RA is not required[＃总结比RLM的其他方法，对象RA是不需要]
dd1 <- summarize(MIR,method="medianpolish")
dd2 <- summarize(MIR,method="mean")

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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